我国目前统计体制的基本格局，是20年前确定的，还带有明显的计划经济时代的色彩，与在社会主义市场经济条件下搞准统计数据的要求很不适应。
一方面，统计体制抗干扰能力差。在现行统计体制下，统计数据由地方统计部门搜集和汇总上报，地方统计部门作为地方政府的工作部门，其干部主要由地方管理，经费也主要依赖地方。一些地方领导既有干预统计数据的主观动机，又有干预统计数据的现实可能。这种体制容易为弄虚作假者提供便利，甚至易为数据腐败提供肥沃土壤。在这种情况下，面对地方的干预，尽管国家统计局采取各种措施，仍然收效甚微。统计数据反映着地方各级领导的政绩，与地方干部的奖惩、升迁密切相关，是干部的“政绩单”。目前，这张“政绩单”是由其下级来填写的，这是制度设计上存在的漏洞。
另一方面，横向协调困难。国家统计局在统计调查项目管理和统计资料管理等方面缺少权威性。国家统计局作为国民经济核算的中心，而一些核算所必需的资料往往难以及时获得。特别是在机构改革后，大部分部门统计受到严重削弱，有的已转入自收自支的事业单位（如信息中心等），存在着机构不健全、工作不够规范等问题。
（三）统计制度方法不够完善，统计调查管理和资料发布不够规范
统计制度方法中存在的主要问题，一是统计指标不够健全。面对社会主义市场经济条件下大量出现的新情况、新事物，统计部门未能及时反映，造成了许多重要经济社会活动在统计上出现空白。例如第三产业中的文化产业、信息服务业及其他各种新型服务业在统计上反映得很不充分。有关环境、资源、生态以及社会发展等方面的统计更是相当薄弱，不适应树立和落实科学发展观的需要。二是统计调查方法比较笨重，很大程度上仍然依赖传统的全面统计报表制度，影响了统计调查的效率和质量。抽样调查虽已在许多领域得到推广，但由于其不能很好地解决分市县的统计数据问题，难以满足目前各级政府分级管理的现实需要。这在一定程度上造成了统计调查方法的双轨制，增加了基层的负担。
统计调查管理存在的主要问题是，随意制发统计报表，造成统计调查重复、混乱。
统计法规定，国家、部门、地方的统计调查项目都必须经过审批和备案。但在执行中很不规范，缺乏科学有效的管理制度。据甘肃省统计局2002年的调查，皋兰县4个基层单位每年要承担来自各个方面的统计报表373种，其中134种是未经审批或备案的报表，还有不少是重复的调查；这些报表中，统计指标多达1.53万个。如此多乱的报表和指标，基层单位和基层统计人员不堪重负，数据质量实在难以保证。
