根据
种子法的规定，国务院以及农业、林业等部门制定了一批与
种子法配套的行政法规、规章和技术标准。2001年国务院发布了《
农业转基因生物安全管理条例》，农业部、国家林业局根据
种子法的授权条款制定了《
主要农作物品种审定办法》，《退耕还林还草工程建设种苗管理办法》，第一批《主要林木目录》，种子、种苗生产经营许可证管理办法，种子、种苗包装标签管理办法等行政规章。湖北、四川、甘肃、河北、广西、内蒙古、北京等省、自治区、直辖市人大常委会，结合当地实际，制订发布了
种子法实施办法或条例。各地农业、林业部门制定了种子、种苗生产经营许可证核发程序、执法管理制度等办法。河北省政府发布了“农民剩余种子交易管理办法”。各地及有关部门还对已有的与
种子法不相适应的地方性法规和规范性文件进行了认真清理，
种子法配套法规规章建设取得了新的进展。
（三）依法规范种子生产经营行为，整顿种子市场秩序
各级农业、林业行政主管部门，按照
种子法规定，加强了种子种苗生产、经营许可证的发放工作，严把种子种苗市场准入关。湖北、福建、四川、辽宁等省制订了规范性文件，发布了受理种子生产经营许可证申请公告，公开办证条件、程序和要求，接受公众和舆论的监督。河北省衡水市结合当地实际，将育苗户按村集中，在形成生产经营公司的基础上，发放“两证”，既方便了群众，又提高了“两证”普及率。
各地农业、林业、公安、工商等有关部门和法院，加强配合，加大执法力度，依法整顿种子种苗市场秩序，取缔无证和超范围经营，严厉查处制售假劣种子种苗的案件。如辽宁省侦破的“3·11”劣种大案，追回和扣押劣种53万公斤，查明涉案人员108人；湖北省宜昌市五峰县种苗管理机构没收销毁劣质苗木21万株、劣质树种500斤等，有效地维护了种子市场的正常秩序。
