3．食用农产品的源头污染现象比较严重
影响我国食用农产品安全卫生状况的因素很多，如农业投入品结构不合理，不按操作规程使用农药、肥料、兽药和饲料添加剂，这些都构成对广大人民群众身体健康的威胁。目前对食用农产品的源头监督管理不力，尚未形成一个健全的安全保障体系。
4．食品卫生法律和卫生标准体系需要完善
我国有关食品卫生管理的法律、法规的数量虽然多，但仍存在以下几个主要的问题：
（1）现行
食品卫生法的适用范围未包括种植业、养殖业，对食用农产品安全卫生的源头监管还缺乏法律依据。
（2）现行
食品卫生法对违法行为的惩处力度不够，难以震慑违法者。
（3）近年来食品卫生管理工作中出现了一些新情况、新问题，
食品卫生法的条文未能完全涵盖。
（4）
食品卫生法实施细则一直未出台，在一定程度上影响了法律的实施效果。
我国的食品卫生标准体系亟待完善。目前我国食品卫生标准采用国际标准还比较少，新标准的制定工作滞后，不能满足新形势下食品安全卫生监管的要求。
5．监督管理体制需要进一步理顺
目前我国食品卫生监管工作涉及的部门多，各地普遍反映，有关部门之间职责分工不清，职能交叉，监督、监测力量不足与人力、物力、财力浪费现象并存；有的又存在管理不到位的现象；对社会公告食品的抽检情况，有时不一致甚至相互矛盾。检查过程中，各地都提出了进一步理顺食品卫生监督管理体制的要求。
6．投入不足，执法人员素质有待提高
由于投入不足，执法条件不能满足实际工作需要，是各地普遍存在的问题。许多地方因财政困难，食品卫生管理经费短缺，有的地方基本没有专项经费，连销毁不合格食品的费用都无法支付。基层普遍缺乏执法所需的交通、通讯、取证和监测设备。不少基层的监测机构仍在使用80年代以前配备的仪器，许多监测项目不能开展。不少地方食品卫生的监管工作仅局限于城区，还没有力量向城乡结合部和乡镇延伸。
许多基层食品卫生监督机构尽管是全额事业单位，但得不到全额拨付，有的地方还要求将“创收”部分上交给财政，致使这些机构重收费、轻监管，甚至片面追求经济利益。部分执法监督人员的职业道德和业务素质不高，培训的机会少，有的不能胜任工作。这些都影响了执法的公正性和严肃性。
