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（三）有些政策对乡镇企业未能同等对待，乡镇企业难于平等竞争
在执法检查中，我们感到，许多地方的领导和乡镇企业负责人，对在市场经济条件下乡镇企业所处的地位，有比较清醒的认识。总的认为，国家对乡镇企业的扶持政策，主要是对其完成支农义务所作的补偿，是对农业和农村整体发展的支持，而对乡镇企业作为通常的企业来说，与其他类型企业同样为国家纳税做贡献，国家政策应予同等对待。在检查中许多乡镇企业反映，目前在封闭贷款、出口配额、技术改造、引进人才、股票上市、粮食收购等方面的政策，乡镇企业未能享受到平等的待遇，有的部门和单位对乡镇企业还有歧视现象。在检查中还了解到对同一问题采取不同政策的情况。如重庆南川市把已经关闭的乡镇小煤矿又交给国有煤矿企业继续生产，乡镇煤矿干部和职工反映强烈。浙江省一位全国人大代表反映，该省征收的农发基金、教育费附加等，城乡企业标准不一，如农发基金，城市企业按每人3—5元交纳，乡镇企业则按销售收入千分之六交纳。有的地方反映，司法部门对乡镇企业拖欠国有企业货款，往往是查封财产和帐号，强制执行；而对国有企业拖欠乡镇企业货款，则有的听之任之，执行不力。陕西省反映，现在实行的计税工资限额，对乡镇企业是500元，其他企业是800元以上，标准也不一样。各地普遍反映，许多好的乡镇企业资金紧张，贷款很难。1999年全国乡镇企业的贷款余额仅占全国贷款余额5%左右，各省区市的情况也大体相同，这与乡镇企业对国民经济贡献的份额很不相称。许多有市场、有效益、有特色和有国外订单的乡镇企业因缺乏流动资金难以正常生产，影响了经济效益。
（四）一些乡镇企业自身素质不高，生产经营行为不够规范
近年来，乡镇企业的管理水平和技术水平虽有很大提高，但从检查了解的情况看，有一些乡镇企业自身素质还存在不少问题，需要依法加以规范和改进。一是产业和产品结构不合理。一般性加工项目过多，新兴产业和高新技术产业较少，农副产品加工和第三产业比重较低；名特优新、高科技含量、高附加值产品少；企业组织程度较低，布局较为分散。二是一些企业管理粗放，装备水平差，缺乏专业技术人才，竞争力不强。三是一些集体办的乡镇企业产权不清，机制不完善，企业活力不足。四是部分企业生产经营行为不够规范，财务制度不健全，不照章纳税，在产品质量、环境保护、安全生产、占用耕地等方面仍存在不少问题。不少乡镇企业不向乡镇企业行政管理部门依法登记备案，不履行法定的支农义务。
（五）乡镇企业负担沉重，侵权行为仍时有发生
据各地反映，许多部门都向乡镇企业伸手，乱收费、乱罚款、乱摊派、乱集资的现象屡禁不止，各种收费项目名目繁多，重复收费普遍，收费标准和范围有很大随意性，乡镇企业不堪重负。据有关部门调查，目前乡镇企业收费总额约占税后利润的20%左右，仅1999年就达1000多亿元。有的乡镇企业反映，一些地方工商部门为了收取会费和管理费，将改制后的股份制、股份合作制和私营企业均登记为个体工商户。有的部门滥用职权，在办理企业证照时收费金额比国家规定标准高出数十倍。各地普遍反映，上级部门硬性让乡镇企业订阅各种报刊杂志，有的每年数万元，甚至几十万元。开封市一位省人大代表反映有关部门随意收费问题，该市一个县，有个由残疾人兴办的仅有10万元资产的社会福利挂面厂，用当地小麦生产挂面食品，够不上污染，县环保部门却违反有关规定，强行索要3000元排污费，厂长倾其所有，只交出1000多元，执法人员不但不给开票据，反而要厂长给他写下2000元欠条，影响很不好。山东省潍坊市某镇1999年财政支出预算500万元，各种收入只有250万元，其余部分都需向乡镇企业摊派。近几年，非法改变乡镇企业所有权，干预企业经营自主权，侵占企业财产，非法撤换企业负责人的现象，仍时有发生。
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