（四）执法中存在着有关机构配合不力和“以补代罚、以罚代刑”现象。
税务机关之间和协税机构与税务机关之间在工作配合上还存在一些问题。有的地方设在同一地区的税务机构重叠，各税务机关相互争夺税源，对纳税人交叉征税，或者进行多头检查，影响征管效率，加重了企业负担。西安市雁塔区小寨街道办事处所辖7.1平方公里的区域，有31家税务机关行使征管职能。有些地方协税机构同税务机关配合不够。有的金融机构对偷漏税的纳税人不按规定扣款和冻结帐户，甚至为其转移资金，隐匿税款，有的允许企业多头开户，影响税务机关查询、冻结、扣划税款。
税务机关对违法纳税户进行罚款和加收滞纳金的处罚，普遍存在畏难情绪，往往仅处以补交税款了事。全国税务机关对违法纳税户的罚款额占查补税款的比例很低，最高的1997年也不过仅为5.8%。云南省国税系统税务稽查的罚款额仅占补交税款的3.7%。有些税务机关对所查处的偷、逃、抗、骗税违法犯罪分子，没有充分行使法律赋予的措施追究法律责任，包括移送司法机关追究刑事责任。全国法院系统1995年受理偷税案件1318件，1996年为1625件，而1997年却下降为753件。执法中的“以补代罚”“以罚代刑”，既起不到对违法犯罪分子的打击、威慑作用，也无法维护税收法律的严肃性。
（五）
《税收征管法》在当前执行中遇到了一些新的情况和问题，需要进一步修改完善。
《税收征管法》自1993年颁布实施以来，在保证国家税收收入稳步增长，规范税收执法行为，促进税务机关依法行政和保护纳税人合法权利等方面发挥了重要的作用。但是，随着改革开放的深入进行，我国经济体制和税制结构发生了很大变化，在税收征管方面产生了一些新的情况和问题，使
《税收征管法》在一定程度上难以适应当前经济发展的客观要求，并影响到新税制的实行。各地和各有关部门对修改完善
《税收征管法》提出了不少意见和建议，主要有以下几个方面：一是针对部分纳税人到工商行政管理机关领取营业执照后，不到税务机关办理税务登记的问题，应在法律中增加相应的制约规定，并从严追究不进行税务登记纳税人的法律责任。二是应扩大税收执法强制措施的适用范围，从法律目前规定的只适用于从事生产、经营的纳税人，扩大到非生产、经营性纳税人。三是对于有协税义务的单位不履行或不完全履行法律规定的协税义务的行为，应当规定相应的法律责任。四是
《税收征管法》与《
行政处罚法》和新《
刑法》的有关规定应当协调一致。另外，在法律中还应细化一些规定，以提高法律的可操作性。
