交通部根据有关法律和国际公约规定，加强了对交通运输船舶的污染防治工作。划定海上特殊区域，禁止船舶在限定海域排放污染物。认真贯彻执行150总吨以上油轮和400总吨以上非油轮安装防污设备和器材的规定。港口接收废水、固体废弃物的设施不断增加。组织拟定海区溢油应急计划，防止溢油污染损害海洋环境，积极推进建立船舶油污损害赔偿机制。
农业部加强管理，严格执法，完善了渔业水域环境监测、事故调查处理、监督管理等各项制度。加强渔业环境监测和监督管理，强化渔船渔港水域的环境保护，控制渔船污染，对400匹马力以上渔船安装了油水分离装置，开展渔港油水分离和防污设施试点，对油污水、渔船垃圾及生活污水进行处理，对乱排污的渔船进行严格处罚。
海军建立了海洋环境保护工作领导责任制，坚持主管领导亲自抓。制定完善军港环保法规体系，加大对军港和舰艇环保监督管理的工作力度，采取各种有效措施，治理军港和舰艇污染。
为加强对新的海岸工程污染海洋的控制，根据国务院颁布的《
建设项目环境保护管理条例》，国家环境保护总局、国家海洋局等有关部门都进一步加强了海岸工程建设项目的环境影响评价工作。
四、坚持“防治与保护并重”的方针，切实保护好海洋生态环境
按照《报告》“努力改善海洋生态环境”的要求，根据污染防治与生态保护并重的方针，国家环境保护总局、国家海洋局、农业部等有关部门进一步加强了海洋生态环境保护工作。
国家环境保护总局在编制《全国生态环境保护纲要》中，对加强近岸海域生态环境的保护，巩固和发展沿海防护林体系建设成果，加强对沿海国家特殊保护林带的管理和建设等方面作出了具体规定。拟在重点地区抢建一批自然保护区并加强对海洋自然保护区的投入和建设。
国家海洋局对重点国家级海洋自然保护区进行了检查。为推动地方海洋自然保护区的建设，对新建地方海洋自然保护区建设进行了现场指导，给予了经费上的支持。为加强保护区管理队伍的建设，还组织了保护区管理人员技术培训。为探索一条开发与保护协调发展的道路，在沿海地方政府的支持下，拟选划山东庙岛和广西钦州两个海洋特别保护区。
农业部积极开展生态渔业建设，加强对海洋水生、野生动物资源的保护，调整渔业生产结构和布局，对资源衰退严重海域实行伏季休渔制度。为实现海洋渔业捕获量“零增长”目标，1999年将进一步严格控制近海捕捞强度，逐步建立渔船报废制度，原则上停止新增从事国内捕捞生产的渔船。
