1988年《
水法》公布后，1993年国务院发布《
取水许可制度实施办法》，使水资源统一管理具有了可操作的方法。目前全国已有95%的县和90%的建制市由水行政主管部门统一实施取水许可制度，许可的水量已占全社会总用水量85%以上，水资源统一管理的格局已初步形成。但是正如《报告》所指出的，由于长期计划经济分部门管理体制的影响，以及法律不够完善，目前我国水资源管理上的条块分割、多头管理问题依然存在。
这次国务院机构改革充分考虑了上述情况，已明确将城市规划区内地下水管理与保护、有关地下水行政管理职能划归水利部，由水利部统一管理水资源（含空中水、地表水、地下水），组织拟定全国和跨省水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织实施取水许可证制度和水资源费征收制度；监测江河湖库水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。
加强流域管理符合水资源的客观规律，也是当今世界各国所公认的水资源科学管理制度。建国后国家即在重要江河设置了流域管理机构，在我国水资源开发利用、管理和保护方面发挥了重要作用。这次机构改革又进一步明确了流域机构作为水利部的派出机构，行使所在流域的水行政管理职能。
（三）关于建立机制，以水养水，推进水利产业化进程
国务院去年10月发布了《水利产业政策》，对现阶段水利建立适应社会主义市场经济体制和机制作了原则规定，目前有关部门和各省正在研究制订《水利产业政策实施细则》和地方实施方案。
要使水利逐步产业化，关键是要建立市场调节与政府宏观调控相结合的水利投入机制。在划分中央与地方事权的基础上，对于防洪排涝、大型农田排灌骨干工程、水土保持、水资源保护等以社会效益为主的工程，以各级财政性资金投入为主；对于供水、水力发电等具有一定公益性的可经营性工程，主要通过非财政性的资金渠道筹集。鼓励部门和集体、企业和个人以及境外投资者以多渠道、多方式投资兴办水利，建立多元化、社会化、企业化的水利发展机制。
要改革现有水价，加强水行政事业性收费。国家已将水价调整作为当前价格改革的重点，正在抓紧制订《水利工程供水价格管理办法》、《城市供水价格管理办法》、《水资源费征收管理办法》，按照《水利产业政策》的规定，区别不同用水，在3年内逐步调整到位，以后再根据供给成本的变化适时调整，以实现以水养水的机制。同时对于有关法律、法规规定的河道工程修建维护管理费、水土流失防治费、占用农业灌溉水源和灌排工程设施补偿费等水行政事业性收费，在两年内做到足额征收，用于水利设施的维护、修建和运营管理。
