第一，关于当事人对仲裁裁决不予受理的决定不服，是否可以向人民法院起诉的问题。根据
劳动法的规定，用人单位与劳动者之间发生劳动争议时，当事人请求“公断”只能“先裁后审”，即先通过仲裁解决纠纷，当事人一方或双方不服仲裁裁决的，再向人民法院提起诉讼，也就是说，人民法院不受理未经仲裁裁决的劳动争议案件。但是，由于劳动争议仲裁委员会（以下简称仲裁委）对实体争议的裁决，是以程序上的受理为前提的，仲裁委决定不受理，就不存在仲裁裁决，当事人也就不能向人民法院提起民事诉讼，而仲裁委所作的不予受理的决定又不属于具体行政行为，所以当事人也不能向人民法院提起行政诉讼，结果出现当事人权益受到侵害却又无处告状的现象。根据法律规定，当事人不服人民法院作出的不予受理裁定尚且有权上诉，而仲裁委一纸决定怎么能成为终局决定呢?实践中曾有许多手持仲裁委“不予受理”决定书来访的当事人，请求人民法院给予司法救济。也有部分法院认为应当想当事人之所想，急当事人之所急，在法律没有明确规定的情况下，受理了这类案件。例如山东省高级人民法院制定的《关于审理劳动争议案件若干问题的意见》明确规定：劳动仲裁部门不予受理的，人民法院可以直接受理。河南省人民法院与北京市部分法院也有类似做法。从实际效果看，确实使一些错误的不予受理的仲裁裁决得到了司法补救，使劳动者与用人单位之间的纠纷及时得到解决。
第二，关于劳动争议案件举证责任的问题。在审判实践中，对劳动争议案件的举证责任问题存在两种不同的做法，一种主张适用民事诉讼一般原则，即“谁主张，谁举证”的原则；另一种则认为劳动争议和一般民事诉讼的区别是劳动关系主体之间兼有平等和隶属的双重性质，所以劳动争议案件的举证责任应区别于一般的举证责任，适用“举证责任倒置”的原则。两种做法皆存在一定的弊端。前者极易发生劳动者因无法举证而败诉的结果；后者则不适当地扩大了用人单位的举证责任的范围。针对存在的问题，部分人民法院根据案情采取灵活的举证方式。如北京市高级人民法院采取视争议本身的特点和事实情况区别对待的方法。对案件的标的是用人单位法律行为时，即劳动者对用人单位的管理行为不服而提起的诉讼，一般由用人单位提供证据；对案件标的为非用人单位行政管理行为的，如职工辞职，自动离职或违反劳动合同，以及双方对劳动合同的操作发生争议时，适用“谁主张、谁举证”的原则。
第三，关于对未签订劳动合同的劳动争议案件的处理问题。根据
劳动法的有关规定，劳动者与用人单位之间建立劳动关系，应以书面形式订立劳动合同。但是在实际执行过程中，用人单位往往以种种借口不与劳动者订立书面的劳动合同，而双方一旦出现劳动争议，首先遇到的难题就是无据可依，往往受害的一方是劳动关系中劳动者一方。针对目前现实生活中还大量存在没有签订劳动合同的劳动关系以及劳动合同制度要有一个逐步过渡过程的情况，人民法院为了及时解决劳动争议，稳定各种社会关系，一般在审判实践中承认“事实劳动关系”的存在，凭借这种劳动关系，再经过双方当事人的陈述、举证和质证，使双方的劳动争议得到了及时的解决。
第四，劳动争议案件主体多元化带来的问题。随着改革开放的深入，社会主义市场经济体制的建立，特别是劳动用工制度改革力度的加大，拥有劳动用工自主权的各类企业不断增加。劳动合同制职工的增加，在签订和履行劳动合同中产生的矛盾也必然相应增加。人民法院在审理劳动争议案件中，不仅要审查用人单位对劳动者的处理是否符合用人单位的规章制度，而且还要审查这些规章制度的制定和内容是否符合
劳动法的规定。由于企业类型繁多，有的地区和部门制定行政法规和建章立制时，不但各行其是，政出多门，而且出现了一定程度上的部门权力化、权力利益化、利益制度化、法律化的倾向，因而致使人民法院处理这类问题缺乏统一的判断标准。
