申请人认为：
1．本案申请人和被申请人之间的关系应适用包运协议，而不是提单。
根据中国
海商法第
71条的规定，“提单，是指用以证明海上货物运输合同和货物已经由承运人接收或者装船，以及承运人保证据以交付货物的单证。”从中可以看出，提单只是海上货物运输合同的证明，而不是合同本身。在没有合同的情况下或者在合同的规定与提单的规定一致时，才能以提单为根据来解决争议，一旦有如本案当事人订有包运协议而出现不同于提单的运输合同时，则应以运输合同即包运协议为根据来解决争议。
2．根据包运协议，被申请人对38只集装箱及箱内货物的灭失应承担赔偿责任。
包运协议第9条责任和赔偿条款规定：“XSC将根据本协议赔偿。支付及承担因其占有或照料下的EGH或THE PRINCIPALS的货物可能因任何灭失、损害、迟延或错误交付而发生的或与之有关的各种方式的任何费用和责任，除非这种灭失、损害、迟延或错误交付可直接归因于EGH或THE PRINCIPALS及其代理人或受雇人的重大疏忽或故意恶行。无论在本协议或XSC的费率表、全式或简式提单或在当事方的任何私下协议或任何立法或条约所包含的任何条款中是否有相反的规定，XSC同意在任何条件下其对EGH或PRINCIPALS因本协议引起赔偿索赔的责任将不少于因其违反本协议而引起的EGH或PRINCIPALS对第三方的赔偿的责任……”从该条款可以看出，被申请人根据包运协议而承担对申请人赔偿责任的范围是非常明确的，被申请人的船舶与他船发生碰撞而造成载运其船上由其占有、照料的申请人的载货集装箱的灭失显然是属于该条款需由被申请人承担责任的范围。而且，作为全程提单的签发人，第二申请人和第三申请人亦面临着货主因收不到货物而提出的巨额索赔，有的甚至已被法院判决负赔偿责任，而根据上述第9条的规定，被申请人的赔偿责任不能少于因其违反协议而导致申请人对第三方的赔偿责任。
3．包运协议第10条的效力受第9条规定的制约。
第10条的内容是这样的：
“首要条款 合同各方同意本协议的效力将受由1924年8月25日布鲁塞尔国际公约所通过的海牙规则及其1968年于布鲁塞尔修正的议定书的制约并受强制适用于提单的立法（包括美国海上货物运输法）的约束。上述规则将被视为已并入本协议并成为本协议的组成部分。本条款的规定不得视为各方依据上述法律对其任何的权利与免责的权利的放弃或增加其任何责任，但是本协议中的管辖权、责任与赔偿条款另有规定的除外。上述法律的规定还将制约EGH或THE PRINCIPALS的货物和集装箱被装上XSC的船舶之前及自该船舶卸下后且该货物和集装箱在X92的实际掌管下的期间（本协议另有特殊规定的除外）。”
