第二层次，在审判程序中，诉讼程序与非讼程序实现不同的功能定位，形成纠纷预防与纠纷解决机制并存、对抗性与非对抗程序各就其位的格局。本次民事诉讼法修改在非讼程序的范围拓展和功能强化方面有所进步，比如增加了调解协议确认程序和担保物权的实现程序，取消了支付令异议须另行起诉的规定而修改为一经异议即转入诉讼（但债权人有明确的相反表示除外）。但除了这些条款本身仍存在一些瑕疵外，特别遗憾的是，司法实务界强烈期待和呼吁的公司诉讼略式程序未予触及。我国既没有专门的商事诉讼程序将公司诉讼纳入其中，也尚未考虑就公司诉讼作为一个特别的商事诉讼程序进行单独规定时，关于公司诉讼的特别规范只能分别放在诉讼程序和非讼程序的相关部分，比如略式诉讼归入非讼程序、派生诉讼归入诉讼主体制度等等。但无论如何，公司诉讼作为一种类型化和结构性程序问题必须在本次程序法修改中给予明确回应，不能再推给司法解释。
第三层次，在诉讼程序中，应当在普通民事诉讼程序的通则之外，分别建立适宜小额债务诉讼、商事诉讼、家事诉讼、劳动诉讼、道路交通侵权诉讼特别规则，以多元分立的程序来满足各类纠纷的不同个性和价值诉求。比如，家事纠纷实行着重调解原则、国家干预和检察监督原则、职权主义审判模式、不公开审判倾向等；商事案件则实行高度自治的处分权主义和辩论主义，注重效率、专业性强、国际化程度较高，在诉讼主体制度、管辖制度、非讼程序或略式诉讼程序、保全和裁判制度等方面都具有明显的独特性；小额债务纠纷价值单一，适宜低廉、快捷、便利、非正式化、职权主义的调解+速裁模式；劳动诉讼以调解、仲裁等前置程序为基础，应建立以司法审查为特征、以法律审查和劳动政策关切为重心的上诉性救济程序；公益诉讼则有别于一般私权纠纷而具有衡平程序性质，在诉讼主体、诉讼客体、证明责任等方面都有相当的复杂性和特殊性。
然而令人失望的是，《草案》只是象征性地增加了一个小额诉讼程序，而且这样代表审级制度结构性变更的新程序仅以一个简单条款规定了受案金额和一审终审制，对其所适用的案件类型、审理程序、救济途径等均无涉及。同时立法还规定了公益诉讼程序，不过也仅仅是跨越了传统诉讼主体制度/理论的限制，对于诉讼客体和审理程序等重大、复杂的问题均未提及。现行民事诉讼制度的总体框架是在简单的民事关系背景下，依附于刑事诉讼程序模式建构起来的，其突出缺陷是程序类型单一、功能单一、价值取向单一。在案件类型日益复杂、社会价值日趋多元的当代社会，这种单一性导致了程序在价值定位、技术设计、变革方向上面临多重困难。比如在改革开放之前，诉讼构造完全是职权主义模式和调解为主的审判方式，却契合于当时占主要地位的婚姻家庭纠纷、邻里纠纷、侵权纠纷等传统民事案件的特征。上世纪90年代，随着以专业、复杂、大额、对抗性强、高效快捷为特征的商事案件大量、普遍出现，在案件数量、涉讼金额以及新颖性、复杂性、专业性等方面的特征使之成为民事司法的重心，于是始于上世纪90年代的民事司法改革诉讼程序是以商事诉讼模式为指向，全面推进处分权主义和辩论主义。但由于未进行程序分类，因而家事诉讼、小额诉讼等传统民事诉讼也都被迫搭乘这趟当事人主义的班车，一齐向诉讼程序的对抗化、规范化、专业化、高成本化发展。于是，这种新的不适应性又引致了本世纪以来包括商事诉讼在内的整个诉讼程序再次向职权主义和着重调解的方向倒退……如此摇摆反复表明，如果不进行程序分类建构，司法改革无论走向哪个方向，总会出现适合于一些类型的案件而不适宜另一些类型的案件的状况。
