其次，申请取证制度与证据保全制度的功能定位不同。任何一项诉讼制度的设置，都是为了实现特定的制度功能。从一些国家和地区的立法规定可看出，申请取证和证据保全的功能定位存在本质差异。
申请取证是国家专门机关在审查被告方的取证申请后，认为需要收集的，由国家专门机关决定收集，与国家专门机关的常规取证行为并无本质差异。在具体的操作程序上，一些国家和地区的申请取证制度与国家专门机关依职权收集证据制度相比，除增加了申请和批准等必要的前置性环节外，在取证以及采信证据的程序规定等问题上没有任何差别。同时，在整个取证过程中申请取证都是国家专门机关的一种单方面诉讼行为，绝大多数情况下并不需要其他诉讼主体的参与。
与申请取证制度不同，许多国家和地区对证据保全的制度设计都是严密周详的。法院或检察院在实施证据保全时，被告方原则上必须在场，实施证据保全措施的机关还必须听取辩护方的意见。在一些由法官决定证据保全措施的国家，在实施证据保全过程中，要求必须采取类似于庭审时的辩论与交叉询问程序。例如，意大利刑事诉讼法典专门用一章13个条文对证据保全（“附带证明”）作了规定，该法典第196条、第401条明确规定证据保全程序就是一次完整的庭审程序，公诉人、辩护人在决定和实施证据保全措施时，必须严格遵循法庭审判的辩论和质证程序。[5]瑞典刑事诉讼法典第15条对保全证据的程序性规定是，“主审外取证之规定应比照适用该类证据。取证及嫌疑人出庭之费用应由公共基金支付。对嫌疑人出庭之补偿应根据政府颁布的规定（1996年第1624号法）。”[6]对于主审取证程序，按照《瑞典诉讼法典》第43章的规定，就是庭审过程中判断和采信证据的程序。换言之，在瑞典，对于被采取保全措施的证据，控辩双方必须到场，在法官的主持下经过严格的辩论和质证程序以后才能固定和采信。
由上可知，证据保全与申请取证在操作程序上存在本质差异：前者在许多国家和地区适用的是一次规范完整的庭审程序，强调多方诉讼主体的全程参与，而后者往往是国家专门机关的一次常规的取证过程，只不过这种普通的取证过程由被追诉方申请而启动，国家专门机关大部分时间在演“独角戏”。两个程序之间存在的本质差异并不是立法上的无意识行为，其背后隐藏着深层次的原因，国家对这两种制度的程序功能有着完全不同的定位是其中应有之义。
再次，证据保全与申请取证所收集和固定的证据的效力不同。综观当今大陆法系和英美法系的审判结构，为了保证定案证据的真实性与可靠性，都要求法官或者陪审员采信的证据必须经过当庭质证和辩论，只是在具体的规则要求上存在一定差异。在英美的证据立法中，法庭采信证据受传闻证据排除规则的限制。之所以要排除传闻证据是“因为从当事人的角度而言，传闻证据是未经宣誓的，对方当事人无法在法庭上对传闻证据进行有效的交叉询问，致使发现真实的‘伟大引擎’没有了用武之地，这被英美法系国家视为传闻证据存在的关键问题”。[7]国内学者对此的归纳是，“目击证人在陈述时没有宣誓，不受伪证罪的威胁，虚假可能性大；其次，对传闻证据大多经过二次以上的转述，误传的危险性大，不足以采信。”[8]大陆法系国家的法典中虽然没有确立传闻证据排除规则，但规定了直接言辞原则，要求法官和陪审员采信证据必须经过庭审的质证和辩论，否则，不得采信。例如，“在德国，基本上适用所谓的‘直接性原则’，根据该原则，法院对证人的询问不允许以宣读书面证言来代替（德国刑事诉讼法第250条）。”[9]无疑，从法官采信证据的形式要件来看，直接言辞原则与传闻证据排除规则能够取得异曲同工的效果。只不过传闻证据排除规则侧重于保障当事人的交叉询问权利，而直接言辞原则旨在赋予法官与陪审员审查判断证据的程序保障权。
实施申请取证和证据保全时国家专门机关所采取的程序不同，因此，二者所取得证据的效力也是不同的。对于通过证据保全措施所固定的证据，虽然也是在审前收集的，但是在实施证据保全措施时，两大法系国家均采取了类似于庭审的严格程序，因此，对于通过证据保全固定下来的证据，在英美法系国家，不受传闻证据排除规则的限制，证人也免除了在审判程序中出庭宣誓和接受交叉询问的义务；在大陆法系国家，则不受直接言辞原则的限制。例如，《美国联邦刑事诉讼规则和证据规则》第801条（d）项明确规定：“一项陈述如果符合下列情况，则不是传闻：（1）证人的先前陈述。陈述者在审判或听证中作证并接受关于该陈述的交叉询问……。”[10]在意大利，其刑事附带证明制度（即申请证据保全制度） “是对彻底的直接言辞原则的一个补充”。[11]德国刑事诉讼法第251条规定（该条规定与德国刑事诉讼法第165条、第166条规定的证据保全措施相对应）：“有下述情形之一时，允许以宣读以前的法官讯（询）问笔录代替讯（询）问证人、鉴定人或者共同被指控人：1．证人、鉴定人或者共同被指控人已经死亡、发生精神病或者居所不能查明；2．因患病、虚弱或者其他不能排除的障碍，证人、鉴定人或者共同被指控人在较长时间或者不定时间内不能参加法庭审判。”[12]但是，对于辩护方的申请取证而言，由于本质上仍然是被追诉方的一种单方取证行为，在取证时并没有经过严格的交叉询问与言辞辩论，因此，在英美法系国家，辩护方申请取证所收集的证据属于传闻证据，证人必须出庭作证，在接受控辩双方的交叉询问之后，法官和陪审员才能决定是否采信其证言；在大陆法系国家，辩护方申请取证所收集的证据受到直接言辞原则的约束，必须经过当庭辩论和质证，才能作为定案的证据予以采信。
最后，证据保全可以弥补申请取证的内在缺陷。赋予被追诉方申请取证权，是当今世界其他国家和地区通行的立法例，我国现行刑事诉讼法第37条也明确规定了辩护律师的申请取证权。但实践中，辩护律师的申请取证权基本上被虚置。有学者通过问卷调查显示，在律师办理刑事案件所遇到的63种难题中，“调查取证基本无法进行/取证难”位列榜首，38.3％的律师将其列为自己办理刑事案件所遇到的最为棘手的问题。[13]在审查起诉阶段，266名辩护律师（平均每人的申请取证数量为2.4次）向检察院申请调查取证，同意申请的仅为0.62次，占申请次数的25％左右，没有任何理由且置之不理的为1.08次，占申请次数的45％，检察院认为没有必要而没有采取取证措施的为0.7次，占申请次数的30％左右。[14]通过上述实证数据可以看出，司法实践中申请取证制度基本上难以发挥作用。造成上述弊端的主要原因在于申请取证权是一种请求权和建议权，无法律上的约束力，侦查机关和检察机关对此可以不作任何回应，被追诉方对此也没有其他的救济渠道。而从刑事证据保全制度的性质以及各国的立法规定来看，犯罪嫌疑人及其辩护律师的证据保全申请如果被追诉机关驳回，被追诉方可以通过提起复议的方式获得救济。同时，如果国家专门机关没有采取证据保全措施导致证据灭失或者毁损，在审判阶段，被告人还可以要求法院作出有利于己的判决。例如我国台湾地区刑事诉讼法第219条就明确规定：对于犯罪嫌疑人、被告人的证据保全申请，如果检察官裁定驳回或者五日内没有采取证据保全措施的，被追诉方可以向法院提起诉讼。因此，可以说，证据保全制度与申请取证制度存在根本差异，证据保全制度弥补了申请取证制度的缺陷。因为与申请取证制度相比，国家专门机关对于证据保全申请不能采取置之不理的态度，必须作出审慎回应。同时，如果决定机关侵犯了被追诉人的证据保全申请，申请者还可以通过向法院提起诉讼等多种方式获得切实有效的权利救济。
