当普通商标所有人试图与地理标志产品的权利人进行统一时，例如“贵州茅台酒”的商标权人为了防止在茅台酒被批准为地理标志产品后被充公，通过游说各方利益集团，最终成功使得茅台酒的原产地域保护范围被限定在了茅台股份有限公司生产车间及新建区域内，虽然避免了普通商标被充公的危险，但显然背离了地理标志保护的原初目的。
另外，由于《商标法》和专门法两种保护制度的权利主体不同，就会产生保护部门、保护范围、保护程序和专用标记等方面的冲突。为了保险，企业或相关组织往往会倾向于选择进行双重注册，寻求双重保护，这样一来，不仅加重了企业的负担，造成企业资金和行政资源的浪费，也进一步地造成了地理标志显著性的淡化。工商总局于2007年1月30日起开始实施《地理标志产品专用标志管理办法》，所以凡是工商总局认定的地理标志产品从该立法实施之日起就有了专用的产品标志，而质检系统使用的是另一种地理标志产品标志。所以，如果同一葡萄酒产品上既有商品本来的商标，又有工商系统的地理标志产品专用标志，还有质检系统的地理标志产品专用标志，则葡萄酒地理标志的存在显然就失去了意义，消费者更会无所适从。
（二）实体法缺陷
1.地名商标作为普通商标与地理标志重叠
根据《商标法》第10条第2款的规定，县级以下的行政区划的地名仍可以作为普通商标注册。但现实中，这类地名却往往被作为当地特产名字的一部分来使用，比如“寺河山苹果”产自于河南省灵宝市寺河山乡，但是“寺河山”是灵宝市园艺场申请注册的普通苹果商标，这虽然符合《商标法》的规定，但却私人垄断了“寺河山苹果”这种地理标志，损害了寺河山乡从事苹果生产经营的其他个人或企业对该地理标志的合法权益，相类似的还有茅台酒以及景德镇瓷器等。如果私人垄断商标权人将该商标许可转让与该地区以外的其他个人或企业使用，则会导致产生地理标志的不当淡化。
2.在先注册的地名商标阻碍在后地理标志证明商标或集体商标的注册
