3，管理机构不起诉，司法机关难于切实协助执行。
通过调查发现，社会救助基金管理机构行使追偿权的方式一般很少会上升到诉讼的层面上，而是向法院发送一份协助执行函，要求法院在判决赔付款中协助救助基金管理机构实现追偿。
但是，这一形式让法院也很为难：首先，在主体上，救助基金管理机构不是案件的当事人，那么在判决中就不应该出现有关它的事项；其次，在判决等文书格式上，法院在文书中不应该出现“建议原告优先赔付社会救助基金管理机构的垫付款”的字样；最后，如上文所说，法院无法将执行款项直接划付到救助基金管理机构的账户中去。因此，很多法院对于这一协助执行函只能是口头上告知原告方，希望他们能积极返还垫付款。
所以，这一协助执行方式效果甚微。
三、实现改革、完善追偿机制
为了交通事故社会救助基金能够及时的帮助贫困的受害者，也为了能够持久的对更多的受害者进行救助，社会救助基金中的资金量是很重要的。然而，这其中很大一部分是依赖对事故责任人的追偿来保证资金的运转。可见，垫付款项是否能被追偿回来对于交通事故社会救助基金来说是相当重要的。因此，改革现有的交通事故社会救助基金机制也显得十分必要。
首先，完善救助基金的功能定位，即增加一定数量的无偿救助、设置救助上限。现有的交通事故社会救助基金主要是对受害的当事人进行垫付抢救费、医疗费、丧葬费，只是一种暂时帮助的行为。但是在现实中，出现需要垫付的情形时，受害人在之后的赔偿款上也是很难得到满足的。由此可见，这是很不利于事故责任人和受害人积极的偿还救助基金所垫付的款项的。此外，要想合理的控制追偿的难度，还要对救济的数额设置上限，不能对受害人进行无止尽的救助，否则在受害人的赔偿款不能满足其自身要求时，要想追回垫付款更是难上加难。
如果救助基金能有无偿救助功能，这样既能从心理上对当事人进行抚慰，让他们从心理态度乐于去偿还垫付款，又能在经济上对他们起到真正的帮助作用。当然，这一无偿救助是需要严格审查和批准的，只有在受害人确实经济很困难的情况下才能批准的。
其次，确定交通事故社会救助基金的管理机构为交通管理部门。根据2009年财政部会同保监会等部门出台的《机动车道路交通事故社会救助基金管理试行办法》，我们知道现有的管理机构是设在财政部门中的。财政部门在日常的工作中，一般只对申请进行审查、资金划拨进行审查，很少参与到事故当中去。这样，是不利于了解案件当事人的真实情况的，而且在事故车辆的扣押、解封上面也没有自主权。
