钟扬的上述观点得到来自克利夫兰州立大学的谭青山的支持，但也受到了部分论者的质疑。有论者指出：政治学研究都是为了解决问题，而要解决问题必然会渗入非科学的价值因素；而且，所有的理论都具有语境依赖性，没有绝对的普适性（北京大学李强）。政治学研究的一个公式是：“语境”决定着“问题”，而“问题”决定着“方法论”。因此，包括政治学在内的社会科学是特定经验和文化的结晶，其“科学化”之路必定非常漫长（中国人民大学杨光斌）。对此，也有听众提出了这样的疑问：政治学的本土化问题究竟是中国政治学所面临的一种情绪性的身份焦虑，还是作为一门科学的政治学所内在的一个问题？
二、定量研究，抑或定性研究？
众所周知，在实证主义大行其道的20世纪，“定量研究”由于更能体现政治学科学化的精神而与“政治科学”的命运紧密勾连起来，并随着“行为主义革命”而在政治学研究中占据着支配性的地位。但道德—政治哲学的当代复兴则在一定程度上代表着政治学者对标榜“价值无涉”的行为主义政治学的反动，并在很大程度上推动了“定性研究”的发展。然而，对中国政治学而言，无论我们是赞成政治学本土化还是主张政治学科学化，我们都会面临这样一个根本性的方法论问题：究竟如何看待“定量研究”与“定性研究”之间的关系？（如果像钟扬那样在与本土化对立的意义上主张政治学的科学化，该问题就变成了：定性研究可否成为一门科学？）
Jon R. Taylor将定性研究与定量研究之间的争论称之为“永久的争论”，但是他仍认为，方法论的多元主义（而非方法论的实证主义）应是中国政治学方法论的一种选择，应倡导一种（包括问题导向的研究和理论导向的研究在内的）混合方法的路径。复旦大学国际关系与公共事务学院副教授陈周旺通过分析美国政治学草创历史后指出：本土化的焦虑、学科不规范、没有研究方法和标准、缺乏实证精神，乃是中美政治学草创所共有的困境。但是，美国政治学的历史也表明：政治学的纯科学化未必是一种进步，相反可能是政治学的衰退，因为这意味着政治学从公共生活中退却，而事实上介入公共生活恰恰是经济学、社会学在经历了多年的纯科学发展之后所求之不得的。因此，中国政治学在引入量化方法的同时应始终保持对量化研究的清醒认识。不少论者也表达了类似的观点：中国政治学研究应当避免方法论“科学主义”霸权的倾向，注意“现代科学主义”和实证主义路径对中国政治学研究的负面影响（美国戴维森学院Shelley Rigger和复旦大学郭定平）；西方政治科学研究具有多样性，并不存在同一化的西方政治科学，中国政治学研究也应该多样化，定量研究和定性研究均应受到重视（Bj?rn Alpermann）。
