1、与我国诉讼时效制度的法律规定相抵触。我国《民法通则》第137条规定：“诉讼是时效期间从知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。”当债务人在各期次债务履行过程中存在瑕疵时，债权人应当知道权利被侵害，此时应开始计算诉讼时效。如果一味强调分期履行之债的整体性而从最后一期债务履行期限届满时开始计算诉讼时效期间，则实际延长了法定的诉讼时效期间，与法律不符。
2、不符合诉讼时效适用对象的理论。前已述及，诉讼时效的适用对象为请求权，与之相对应，一个债权请求权有一次诉讼时效的适用。法律关系并非诉讼时效的适用对象，也就是说，一个法律关系并非只有一次诉讼时效的适用，因为一个法律关系中可能存在数个债权请求权，分期履行之债就是其典型。因此该答复以分期履行之债是一个法律关系为由而认为只有一个诉讼时效的适用是不妥的。
3、与我国诉讼时效制度设立的目的相违背。诉讼时效制度是制定法以公权利设置干预私权利纠纷的手段，目的是督促权利人及时行使权利，体现“法律保护勤勉者，而不保护懒惰者”的理念，以激发权利主体的创造欲，从而促进社会财富的增长。如果从最后一期债务履行期届满计算诉讼时效，实际延长了权利人部分诉讼时效的期间，不利于促使权利人及时行使权利。
（二）、最高人民法院（2003）民二他字第14号答复意见的法律适用及存在的问题。
最高人民法院（2003）民二他字第14号答复意见指出：在合同约定分期履行的情况下，债务人应当在约定的数个个别债务的履行期限内履行义务，否则即构成对债务人该部分相对独立的合同权利的侵害，权利人亦由此取得就相应的个别债权要求债务人履行义务、承担相应责任的权利。对上述分期履行的合同的诉讼时效，可以按每笔相对独立的债权到期之时分别计算。其理由是：尽管基于同一合同约定的债务是一个整体，但在合同约定分期履行的情况下，实际上是将整体债务分割成数额、履行期限、及法律后果互不相同的、相对独立的数个个别债务，每期次履行瑕疵都是对债权人该部分相对独立合同权利的侵害，根据《民法通则》第137条的规定，可以单独按各期次计算诉讼实效期间。该答复意见没有局限于分期履行之债基于同一合同约定是一整体，而是将各期次债务视为相对独立的个别债务，再根据《民法通则》有关诉讼实效的规定精神，按每期次债权到期之时分别计算，较最高人民法院法经（2002）244号答复意见较为透彻、合理，但仍有不足之处。
