（三）1999年4月29日-2007年5月3日：《行政复议法》颁布实施阶段，行政复议制度基础初步完善，实现大一统—行政复议摆脱配套地位，成为与行政诉讼并列的行政救济制度
《行政复议条例》实施的8年间，其本身存在的缺陷暴露无遗，如行政复议的范围狭窄、复议程序繁琐、复议管辖不合理、举证责任不明确和法律责任不完善等。为了进一步完善行政复议制度，1999年4月29日第九届全国人大常委会第五次会议通过了《行政复议法》，并于1999年10月1日施行，这标志着我国的行政复议制度在初步完善的基础上实现了大一统，行政复议制度正式摆脱了配套性质，提高了立法层次，以法律的形式实现了独立和统一，成为与行政诉讼并列的行政救济制度。从具体的制度运作来看，从1999-2007年行政复议申请数量的变化可以看出，1999-2001年，全国的行政复议申请数量呈增长趋势，而2001-2003年，全国的行政复议申请数量不断下降；2003-2006年，全国行政复议申请数量总体上又一次呈增长态势，但也有部分省市的行政复议申请数量不断下降，2007年全国行政复议申请数量又有所下降。见下图：
这些数字变化，实际上是世人了解接触行政复议法并扩散当事人具体感受而造成的演化。第一次案件数量的增长是由于条例升格为法，激发了人们对它的期望导致的数量增加。而后的案件数量下降，则很容易理解为人们在接触使用复议制度后，社会上会扩散人们对它的观察和使用后的意见，从而导致案件数量下降的结果。因为案件数量变化，如无特殊原因，一定不会像果树那样呈“大”、“小”年的规律。复议制度的诸问题，并没有因为新法出台而基本解决，条例所遗留的问题如复议制度功能定位问题反而比以前更为突出。在条例里还写了复议机构独立办案，但复议法则干脆取消了这一规定，原因就在于既然复议是层级监督，既然按照行政机关首长负责制由首长决定如何裁决复议案件，复议机构用不着独立。通观《行政复议法》的43个条文，我们可以深深体会到，立法者是按照一般行政行为或者行政活动来设计复议制度的。复议制度作为解决纠纷途径的特点仍然在法中没有得到体现。
（四）2007年5月29日至今：行政复议制度进一步完善—《行政复议法实施条例》颁布实施阶段
《行政复议法》颁布实施以来，在促进行政机关依法行政和保护行政相对人合法权益方面发挥了巨大作用，但是《行政复议法》对行政复议的定位尚有偏颇，可操作性有待加强。为进一步发挥行政复议制度在解决行政争议、建设法治政府、构建社会主义和谐社会中的作用，2007年5月29日，国务院公布了《中华人民共和国行政复议法实施条例》，对行政复议制度作了深度完善。这些完善性规定从本质上看，除了具体工作更加便于操作之外，主要是对复议法忽视复议活动“准”司法性的一种纠偏。强调行政复议活动是对行政相对人权利的救济，因为没有这样的定位，相对人就不会信任行政复议制度，不信任这种制度，复议法所设计的层级监督功能就无从启动和谈起，保障监督依法行政就是一句空话。但即使如此，由于种种原因，似乎并没有平息关于行政复议功能定位的争执，实务界和理论界对行政复议的定位并没有完全达成共识。
