第二，渎职罪章 中普通法条与特别法条之间规定的错综复杂，给食品监管渎职罪的司法适用增加了诸多难题。比如，在作为普通法条的滥用职权罪和玩忽职守罪与作为特别法条的食品监管渎职罪之间，依据《刑法》第397条第1款后段的规定：“本法另有规定的，依照规定。”在食品监管领域，如果国家机关工作人员实施滥用职权或玩忽职守行为并发生重大食品安全事故或者造成其他严重后果构成犯罪时，应当适用特别法条定食品监管渎职罪。这是依据特殊法优位于普通法的规则所得出的结论，并无异说但如果食品监管领域国家机关工作人员的滥用职权或玩忽职守行为并未发生重大食品安全事故或者造成其他严重后果时，该行为如何定罪，就成了一个难题：究竟是依然坚持特别法优位于普通法规则，对这种情形作无罪处理，还是遵循重法优于轻法，将滥用职权罪和玩忽职守罪视为兜底式法条而予以定罪？在刑事司法实践中难免会出现这样或者那样的理解与争议，对此，笔者从维护刑事法网的严密性出发，倾向于后一种解决方案。
再如，食品监管渎职罪与商检徇私舞弊罪、商检失职罪、动植物检疫徇私舞弊罪、动植物检疫失职罪，以及与放纵制售伪劣商品犯罪行为罪之间，在特定领域也会出现罪名的涵盖范围交叉和重叠的情形，给司法适用带来困难。笔者认为，在商检部门、动植物检疫部门、卫生行政部门、农业行政主管部门、质量监督部门、工商行政管理部门等有关国家机关工作人员在食品监管活动中，由于滥用职权或玩忽职守行为而构成犯罪的，因为都属于特别法条，如何定罪就取决于在食品监管过程中是否发生“重大食品安全事故或者造成其他严重后果”，如果是，认定为食品监管渎职罪较为稳妥，如果否就应当认定为商检徇私舞弊罪、商检失职罪、动植物检疫徇私舞弊罪、动植物检疫失职罪或者放纵制售伪劣商品犯罪行为罪。
第三，特别法条 的增加，客观上形成了一个依据国家工作人员所属领域的不同而予以制定具体罪名并形成一个罪名体系的现实，并且出于现实的需要配置了不同的法定刑。那么，这就会出现即便是国家工作人员实施了在本质上是相同的滥用职权行为或玩忽职守行为，而仅仅依据其工作领域和身份的不同，就有可能导致不同的刑罚处罚。比如在国家秘密领域、减刑、假释、暂予监外执行领域、林木管理领域和环境管理领域等等相应的渎职类犯罪，配置的法定刑就轻于食品监管渎职罪；在民事和行政裁判领域、执行判决和裁定领域、商检和动植物检疫领域等等，配置的法定刑与食品监管渎职罪大致相当；而在税款、发票、出口退税和走私等领域，其渎职罪犯罪所配置的法定刑又高于食品监管渎职罪。如此一来，是否会产生这种立法模式违背刑法面前人人平等原则和刑法公平正义精神的质疑？即便这种质疑可以用作为民众意志代表的立法机关的权限来解释，但做出这样规定的最本质依据何在，仍然是一个值得研究的问题。比如，为什么环境监管领域内的渎职类犯罪，其刑罚配置就要轻于食品监管领域，是因为环境的安全不如食品安全那么重要，还是所产生的社会危害要小许多？恐怕这种解释并不具有很好的说服力。
