（二）商业秘密流失恶化行业发展环境
软件的源程序和文档中包含着开发者的技术诀窍和关键信息，这部分涉及到软件开发中的核心技术问题，开发者往往采取了保密措施，成为商业秘密而受法律保护。此外，在软件的销售环节中客户名单、产销策略、销售渠道等与开发以及生产、经营活动有关的商业信息往往也被企业作为商业秘密而进行保护。
软件业的商业秘密流失主要体现在三个方面：一是因技术人员或管理人员的流动而造成相关商业秘密的流失，频繁的跳槽对企业稳定快速的发展制约明显，离职人员往往带着技术秘密、经营策略、管理诀窍、货源情报、客户名单等企业命脉，行业发展环境因此被恶化；二是在订立软件开发合同等技术合同的过程中，合同一方主体往往需要向另一方提供涉及技术秘密或经营秘密的资料数据或信息，在合同履行过程中或合同终止后，一方主体未履行保密义务而将其掌握的商业秘密予以披露、使用；三是企业的商业秘密被他人以盗窃、利诱、胁迫等不正当手段获得。其中第一种情况即因人才流动而导致的知识产权流失现象在软件业的发展中特别普遍且相当严重。
（三）合同履行过程中所呈现的系列问题不利于行业整体的健康稳定发展
完备的合同条款是审查合同当事人是否违约以及承担何种法律责任的依据。近年来，企业已经越来越重视知识产权问题，但由于企业自身的局限性，大多数企业在知识产权合同制定和管理方面依然存在很多漏洞和不足，在司法实践中，各种新型、复杂、疑难的知识产权合同纠纷也层出不穷。软件业的企业在合同签订时的风险防范能力还有待提高。在审判实践中发现，部分当事人订立的合同不规范，诸如技术保密内容、验收方法和验收标准、风险责任承担、技术成果和后续改进成果的权利归属及使用、收益的分配等条款往往没有进行约定或约定得比较模糊，不具有可执行性，以致在合同的履行过程中发生纠纷，无法把握履行合同过程中出现的瑕疵与全面履行合同义务之间的关系。
（四）寻求纠纷解决时遭遇困境
软件业的纠纷一般专业性较强，大部分软件侵权案件都会涉及鉴定，审理周期相对较长，且软件著作权侵权行为具有取证难度大、隐蔽性较强等特点。例如在实践中要求原告提供被控侵权软件的源程序几乎是不可能的，即使原告申请保全被告软件的源程序，出于计算机软件容易被复制、删除、修改，保全目的也不一定能够实现。因此，通过诉讼解决软件企业之间的纠纷客观上可能存在权利不能得到及时保护的情况。但由于行政机关和各类行业组织化解纠纷的机制尚欠完备，软件企业选择纠纷解决的途径较为有限。
