1.当事人质证鉴定结论程序。鉴定结论作为鉴定人的判断意见，在一定意义上暗含有鉴定人对鉴定对象猜测的成分。尽管这种猜测不是主观臆想而是蕴涵着科学的分析，但猜测本身仍带有潜在的风险。“绝大多数鉴定人是凭着技能和良心完成任务的；而且，在很多情况下，他们的工作会使真相大白”；“但是他们也会出错，而这种错误将带来严重后果”。[17]这种风险或者错误需要诉讼程序赋予当事人反驳权利以及当事人充分利用程序寻找相反因素的利益动机从反面予以揭露。这就需要建立当事人质证鉴定结论程序，完善鉴定人出庭作证制度。
2.专家辅助控辩双方质证程序。在鉴定实践中，法庭科学家经常不得不与不令人满意的检材打交道。这些来自现场的样品可能已经降解、污染或者只有非常少量的检材可以复原到刚好鉴定的状态。指纹、足迹或者工具痕迹可能是模糊或不完整的。玻璃和纤维证据很容易与证人、侦查人员或旁观者无意中带人犯罪现场的其他物质混合在一起。[18]这些源头性问题尽管不是鉴定本身造成的，却关乎鉴定结论的可靠性。这些问题一般人难以发现，只有专家参与质疑才能觉察，建立专家协助当事人质证鉴定人的诉讼程序便成为发挥质证有效性的重要环节。[19]特别是在庭审中，专家辅助人接受控辩双方委托以自己的专业知识协助其询问、诸问鉴定人，借助于程序功能可以发现不可靠的鉴定结论，同时还能为法院排除不可靠的鉴定结论提供理由。
3.专家陪审程序。随着鉴定结论质证程序的完善以及专家辅助人参与法庭质证的引人，在程序上必然会加重鉴定结论质疑的对抗气氛。尽管从理论上说真理越辩越明，但实践中因鉴定人与专家辅助人在专门知识上的论战与交锋有可能会使缺乏专门知识的法官面对专家的分歧与争执反而产生更多的疑惑。面对迷惑不解的鉴定结论，法官如果仅凭常识与经验，往往难以作出判断。在这种情况下，他只能启动重新鉴定或者私下寻求专家咨询来解决困惑。重新鉴定可能导致新的不同的鉴定结论的出现，使鉴定陷人循环反复之中；如果法官在私下咨询专家，“在不公开的刑事诉讼体制中，法庭科学组织可能成为自满和质量差的科学证据的繁殖地”。[20]完善专家陪审制度，是解决这一问题的基本出路。专家陪审的好处在于，一方面，专家陪审员可以利用其专门知识适度控制法庭对鉴定结论质证的秩序，保障质证不脱离专门性问题的证明范围，从而提高质证的有效性；另一方面，可以使陪审员在充分听取鉴定人与专家辅助人对鉴定结论辩论意见的基础上，全面地向法官解释争论的焦点以及为法官解释有关专门知识的疑惑，从而保障合议庭有能力对争议的鉴定结论与其他证据进行综合评判。
