在上述案件中，侦查机关的鉴定机构对一个案件的反复鉴定与社会鉴定机构参与鉴定一次完成形成鲜明的对比，表明了鉴定机构中立的重要性与必要性。我国侦查机关的鉴定机构不仅存在非中立性问题，而且在实践中还引发了侦鉴不分、鉴定迁就侦查以及迎合侦查，甚至误导侦查造成侦破“假案”的可怕后果。[26]深化司法鉴定制度改革应当取消侦查机关的鉴定机构，将其划归不承担诉讼职责的主体来管理。究竟应当安排哪些不承担诉讼职责的主体设立鉴定机构以及在实践中绝对地禁止侦查机关设立鉴定机构是否具有现实可能性，则是一个需要探讨的问题。
1.鉴定机构的设立主体问题
对取消侦查机关的鉴定机构后安排何种主体设立鉴定机构来满足诉讼活动的需要，主要存在着两种思路。一是由司法行政部门设立从中央到地方统一的司法鉴定中心。在解决侦查与鉴定之间勾连问题上，建议司法行政机关的鉴定机构在侦查机关内部设立派出机构，以便及时地对侦查活动中的某些专门性问题作出鉴定，协助侦查人员解决在调查收集证据过程中可能面临的专门性问题。[27]这种方案在解决鉴定机构的中立性问题上应当说是切中肯綮的，在一定程度上也能满足侦查的需要。但是，由司法行政部门设立统一的鉴定机构，尤其是设立自上而下的鉴定机构，在实践中极易造成鉴定资源的垄断和鉴定机构自身的行政化，形成鉴定部门的垄断以及基于设立鉴定机构的部门级别来确定鉴定结论的效力等级问题。[28]在侦查机关设立鉴定机构的派出机构固然能够解决侦查的现实所需，但因派出的鉴定机构长期与侦查机关合作与配合，其鉴定结论的可信性仍无法保障。一旦鉴定机构的派出机构出现偏向性，还会因“中立”的外在形式的遮蔽带来比侦查机关自设鉴定机构更加难以防止和纠正的风险。
二是对设立鉴定机构的主体采用限制性禁止，移植英美法系国家的专家证人制度，在鉴定机构的设立上对非禁止的其他主体一概不予限制，由市场自动调节。我国司法鉴定制度改革采取了这一思路，并规定“人民法院和司法行政部门不得设立鉴定机构”以及“侦查机关根据侦查工作需要设立鉴定机构”。除此之外，任何主体均可按照《决定》的条件设置鉴定机构，鉴定机构的设置出现了市场化的趋势。对鉴定机构完全依靠市场来配置的做法，在《决定》实施后的5年中暴露出不少问题。有些鉴定机构为了自身经济利益不惜与职权机关或者当事人暗中交易，甚至按照当事人的意愿“定做”鉴定结论，鉴定机构的中立性被实践中的利益因素所吞噬，重复鉴定依然如故。为了应对此问题，中央政法委决定遴选国家级鉴定机关，将来还可能进行省级鉴定机构的遴选。[29]这种做法并不能有效解决鉴定结论的可信性问题。
2.禁止侦查机关设立鉴定机构的现实可能性问题
侦查机关的鉴定机构是否一概禁止需要进行价值权衡，世界各国在此问题上存在着不同的制度选择。多数国家的警察机关设有鉴定机构。如大陆法系国家的法国有隶属于国家司法警察总局的司法鉴定中心；俄罗斯的侦查机关也有相对完整的鉴定机构。英美法系国家的美国联邦调查局设有犯罪侦查实验室；澳大利亚的国家警察机关亦存在国家司法鉴定研究所。保留侦查机关的鉴定机构具有现实的必要性。从侦查与鉴定的关系来看，有些鉴定事项因涉及公共安全不宜由非侦查机关进行鉴定，如毒品鉴定等；有些鉴定事项因鉴定数量较少且成本较高其他鉴定机构无力承担，如枪弹鉴定等。基于此，多数国家在公正与效率的价值权衡中对侦查机关设立鉴定机构作出适当安排。
