专门知识在鉴定领域更多地表现为科学知识。对“科学知识”可从不同的层面来理解。从其“对象”的角度来理解，“科学知识”一般被看作关于自然现象及其规律的知识；从其“方法”的视角来解释，它属于“知识表达”方法和“知识获得”方法。[18]由于科学与专门知识的联姻，科学的本质必然会影响到鉴定结论的本质。在实践中，科学时常作为一台越来越复杂、越来越有威力的机器，一台人类能够更好地了解以便更好地支配我们周围的世界的机器，从操纵它运转的机体深处——观察现实和演绎逻辑——冒出这两个意料之外的概念：不确定性、不可判定性。[19]不确定性主要表现在技术性、方法论与认识论层面。技术性的不确定性是指不精确性，是关于数据的质量和匮乏的概念，通常可用有效数字或误差棒等来表示；方法论的不确定性是指不可靠性，可以用统计学的置信水平来表示；认识论的不确定性有关现象的概念，即总体和现有图景。[20]这些问题使得鉴定结论常常采用不确定的科学语言来表达。比如，在死刑复核中发现，DNA鉴定结论常采用以下几种表述：如“现场血迹与死者血样的Profiler Plus基因型相同，似然比（LR）为4.677E+11”；“由死者所留的似然比率为763296889747.433398”；“血迹为火又义所留的可能性为99.9999999%”；血迹“是X只X所留的似然比率为7.51X10 12”，等等。在鉴定结论作为证据使用时，如何将科学提供的带有概率性的“数字产品”转化为诉讼程序所需要的证据，是司法鉴定制度改革需要完成的任务。我国的司法鉴定制度改革并未涉及这一问题，法官面对这些“堆积数字”的鉴定结论审查判断时仿佛陷入数学的迷宫，使其不得不将案件事实在专门性问题上的判断权拱手让给鉴定人。
2.鉴定结论作为一种判断是鉴定人专门知识的应用能力的体现。鉴定结论作为鉴定人的个人判断是以专门知识作为基础的。这些专门知识即使在专业领域得到同行的普遍认可，仍“应当考虑某项科学技术已知的或潜在的失误率和控制技术运作的标准的存在和维持”。[21]鉴定结论在此方面需要制度保障与程序控制。这些保障制度除对司法鉴定所运用的专门知识进行规范外，还应对鉴定人的实践活动和个人判断过程予以规范。
在鉴定结论作为证据问题上，鉴定人必须拥有运用专门知识解决专门性问题的能力。然而，制度在将鉴定人作为拥有专门知识的人对待时首先应当将其视为普通人，进而才是专家。这就需要鉴定制度与诉讼程序对鉴定人作为普通人的弱点予以关注，同时还要对鉴定人作为专家可能存在偏见性的缺陷进行弥补。在诉讼程序中，普通人的弱点借助于交叉询问程序可以被发现，而鉴定人作为专家的偏向性采用纠正普通人弱点的方法却难以发挥作用，需要特殊的控制制度。这些制度主要涉及鉴定机构与鉴定人的准入制度、鉴定机构的中立制度、鉴定人的回避制度、鉴定人独立鉴定的责任制度与鉴定人的信誉制度等。这些制度不仅有助于保障鉴定人的专家良知以及促使其客观、真实、独立地表达判断意见，而且有利于促进技能的发挥，保障鉴定结论具有可信性。
3.鉴定结论属于鉴定人个人的判断性意见。鉴定结论源于具有专门知识的人即鉴定人的判断，不具有专门知识的人的判断不能成为鉴定结论。鉴定结论作为鉴定人的判断除受制于专门知识的共通性外，更多体现鉴定人在专门知识上的个体性能力。“尽管所用的仪器将化学数据翻译成了人类能理解的视觉形式，且这些视觉形式通常伴有定量数据，但最后我们比较的还是视觉形式。在确定这些图形的重要性时，每位分析者的个人经验从整体上影响分析的质量。”[22]如广东顺德亲子鉴定案。该案采用DNA分型技术对某男子与前妻所生之子进行检测，检测结果为三个基因座不相吻合。某医院法医临床司法鉴定所的鉴定人认为，这种不相吻合不符合遗传规律，作出了他们之间不存在亲子关系的结论；而某大学法医鉴定中心进行检测获得与之相同的检测结果，鉴定人却认为，三个基因座不相吻合的情况应考虑为突变，作出了他们之间存在亲子关系的结论。[23]在该案中，鉴定人运用科学技术获得检测结果是一致的，但鉴定人对检测结果的判断结论却迥然不同。按照一般规律“三个基因座不相吻合”应当作出否定的结论，而“考虑为突变”则应当作出肯定的结论。该案的鉴定虽然采用了具有硬科学性质的DNA分型技术，但并不因此产生相同的鉴定结论。鉴定人基于相同检测结果作出不同鉴定结论的事实从另一侧面说明了鉴定结论的个人判断性意见性质。鉴定结论的本质要求鉴定人将个人拥有的专门知识转换为共有知识，在不脱离同行公认的范围内发挥作用。这种不可超越专门知识的共通性能够保障鉴定结论具有可重复性以及鉴定人的可替代性，这一问题在实践中特别需要通过司法鉴定制度来维护。
