2.管辖法院。关于调解协议司法确认的管辖法院，级别管辖统一规定为基层法院，地域管辖则有不同的规定。《2009年若干意见》第21条规定，当事人可以在书面调解协议中选择当事人住所地、调解协议履行地、调解协议签订地、标的物所在地基层人民法院管辖，但不得违反法律对专属管辖的规定。当事人没有约定的，除《民事诉讼法》第34条规定的情形外，由当事人住所地或者调解协议履行地的基层人民法院管辖。经人民法院委派或委托有关机关或者组织调解达成的调解协议的司法确认案件，由委派或委托的人民法院管辖。而《司法确认若干规定》第2条规定，当事人申请确认调解协议的，由主持调解的人民调解委员会所在地基层人民法院或者其派出的法庭管辖。人民法院在立案前委派人民调解委员会调解并达成调解协议，当事人申请司法确认的，由委派的人民法院管辖。两者的区别在于：第一，前者规定了协议管辖制度，允许当事人可以在调解协议中约定管辖；第二，法律直接规定的管辖法院有区别，前者侧重于当事人的住所地及调解协议履行地，后者则强调人民调解委员会所在地。效力上，前者是司法政策、指导性文件，后者是具体的司法解释；颁布的时间上，前者早于后者。笔者认为，针对目前大调解机制的需要，《2009年若干意见》的规定更合理。首先，两者的适用范围是有区别的，《2009年若干意见》是最高人民法院立足于诉调对接而发布的具有司法指导意义的政策性文件，强调的是大调解中的诉调对接，故其规定的是可对“经行政机关、人民调解组织、商事调解组织、行政调解组织或者其他具有调解职能的组织调解达成的具有民事合同性质的协议”进行司法确认，而《司法确认若干规定》仅适用于人民调解协议。从诉调对接的效果而言，无疑当事人住所地或调解协议履行地更直接。并且，《人民调解法》规定人民调解委员会设置在村委会、居委会，还有企事业单位，但通常而言，设置人民调解委员会的企事业单位要有一定规模，且有可能分散在不同区域（如总公司与分公司、连锁企业等），由人民调解委员会所在地基层人民法院管辖不能达到方便当事人的目的。何况在大调解格局下，行业组织也有设立人民调解委员会的，如2011年6月14日上海市政府发布了《关于开展医患纠纷人民调解工作的若干意见》，提出在全市范围内推进医患纠纷人民调解工作，如果行业性的人民调解委员会相对集中，则以当事人住所地及调解协议履行地基层人民法院管辖更为合理。其次，《2009年若干意见》规定的协议管辖制度更能体现调解协议司法确认的正当性基础，即充分尊重双方当事人的意愿，允许当事人就管辖法院进行合意选择，这是调解解决纠纷的精髓所在。
3.程序定位。根据《2009年若干意见》和《司法确认若干规定》的具体规定，现行的司法确认程序为非讼程序。王亚新教授认为两个关键决定了其性质为非讼：一是达成调解协议的双方当事人必须共同提出确认协议效力的申请，二是法院对调解协议的确认采用“决定”的裁判形式。而且，从裁判采决定形式这一点还可推断当事人对这种裁判不得上诉，这也是非讼程序的表现之一。这种程序的非讼性质与关于当事人可依据调解协议申请支付令的另一程序设计也能够相互支撑和印证。[18]应当说，目前法院对该程序的适用是谨慎的，例如《上海法院关于民事调解协议司法确认程序的实施细则（试行）》第8条规定的不予受理的情形包括：（1）主持调解的人民调解委员会或人民调解员未依法向所在辖区人民法院通报的；（2）调解组织调解的纠纷不属于该调解组织管辖范围的；（3）纠纷性质依法不能进行调解的；（4）协议内容不需要强制执行的；（5）协议内容影响关联案件的审判、执行的；（6）具有债的给付或物权得失变更内容的民事调解协议所涉标的额超5万元的；（7）其他不属于司法确认范围的。上述第（1）条强调了诉调对接的体制管理规范，第（2）、（3）、（6）条涉及调解的案件范围，其中5万元的标准与上海试行的小额诉讼程序对应，意即此类确认案件应纳入小额诉讼案件或是传统的简单民事案件，第（4）、（5）条涉及司法确认的效力，第（4）条的表述表明司法确认效力的重心是强制执行力，而第（5）条的描述则对司法确认的其他效力表现出审慎态度。现行法律和司法解释中关于当事人申请法院司法确认的后果，只有确认与不予确认的决定之分，没有规定对法院决定行为的救济途径，如果法院作出不予确认的决定，那么当事人之间达成的调解协议是否自然撤销？按最高人民法院关于《司法确认若干规定》统一文书样式中的“不予确认决定书”的规定，人民法院对申请人达成的调解协议效力不予确认的，当事人可以通过人民调解方式变更调解协议或达成新的调解协议，也可以就相关纠纷向有管辖权的人民法院提起诉讼。笔者认为，该规定淋漓尽致地体现出法院作此司法解释的本位主义，即要求当事人要么重新达成协议向法院申请司法确认，要么诉至法院，而忽视了当事人在法院不予确认时可以自动履行了结纠纷，将当事人自治性解决纠纷机制排除在法院解决纠纷的视野之外。
