虽然《民事诉讼法修正案（草案）》确立了公益诉讼的大体方向，但不可否认的是，目前草案中关于公益诉讼的规定仍然显得模糊不清，有些内容尚有商榷的余地。例如，公益诉讼的原告与被告是哪些主体？诉讼案件如何管辖？审理程序如何？这些问题都值得进一步探讨。由于食品安全涉及的范围广泛、利益关系复杂，其在公益诉讼中自身特点非常明显。因此，需要结合食品安全的特点与公益诉讼法律原理，对食品安全公益诉讼制度进行更为具体的理论探索与制度设计。
第一，食品安全公益诉讼的原告。我国现行诉讼法对原告的规定一般都要求，原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。依照《修正案（草案）》的规定，公益诉讼的原告是“有关机关”、“社会团体”。根据公益诉讼的基本原理，这里的“有关机关”、“社会团体”作为原告无需与本案有利害关系。这是公益诉讼区别其他一般诉讼的重要特征。虽然如此，并不表示所有的机关或社会团体，都可以提起食品安全公益诉讼，否则就可能引发严重的诉累现象。因此，“有关机关”、“社会团体”在食品安全的公益诉讼中必须有明确的指代。学界一般认为，检察机关是食品安全公益诉讼中最具有原告条件的“有关机关”。食品安全监管机关，例如卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门等，在一般情况下都不得为食品安全公益诉讼的原告。因为它们在很多时候自身都可能成为食品安全公益诉讼的被告。“社会团体”在食品安全中，就目前情况来看则为消费者协会、食品协会、食品行业协会等各种依法登记的，且与食品安全有关的团体组织。
除上述两个合适的原告之外，还有一个最为值得探讨的问题就是，公民个人能否作为食品安全公益诉讼的原告？无论在理论上，还是在实践中来看，个人成为食品安全公益诉讼原告都是可行的、必要的。个人提起食品安全公益诉讼，可以对食品安全问题展开全方位的监控。由于食品安全公益诉讼的公益性，完全可以通过基本程序控制原告通过诉讼牟利，从而防止公益诉讼泛滥现象。
第二，食品安全公益诉讼的被告。相对于原告而言，食品安全公益诉讼的被告比较好确定。学界一般认为，违反食品安全法律法规，侵犯公众食品安全的组织或个人，都可以成为食品安全公益诉讼的被告。食品安全公益诉讼的被告主要有三类：一是食品生产、销售企业。当这些企业违法生产、销售有违食品安全的食品时，原告都可以此为被告提起公益诉讼。二是食品安全监管机关。食品安全监管机关疏于监管或违法行使监管职权，造成有安全隐患的食品在市场上得以销售，原告可以以具有监管职权的食品安全监管机关为被告提起公益诉讼。三是食品生产、销售个人。对于没有注册成为公司的个人、个体户、合伙组织等，可以直接对以个人为被告提起公益诉讼。
