（一）地理标志与商标权的冲突
因商标法中对善意注册的在先权利进行保护，大量已经取得商标注册的含有地理标志的普通商标依然存在。而后，国家质检总局又受理了该地产品的地理标志的保护申请，从而产生两权论争。这些普通商标与地理标志并非都有直接联系，其产品也并非与真正地理标志所标示区域生产的产品质量相符，但两者同受保护。这两种可对消费者造成认知混淆的标识的同时使用，使得这两项权利的行使在实践中纠纷不断。我国确立以集体商标和证明商标保护地理标志的规定出台较晚，而在这之前已有一些符合集体商标、证明商标的地理标志作为普通商标获得了注册。然而，有些已经被注册为普通商标的地理标志又根据《地理标志产品保护规定》获得了地理标志产品保护，这样就会出现某些产品同时有普通商标和地理标志产品保护的现象。如果二者属于同一主体通常不会出现问题，但若二者分别属于不同主体时就会产生矛盾和冲突。
（二）集体商标、证明商标保护与地理标志产品保护之间不协调
集体商标、证明商标与地理标志产品保护之间的矛盾的根源在于中国目前对于地理标志保护实施的所谓“双轨制”保护模式，即对地理标志的保护同时由国家工商总局和质检总局实施。这样，同一地理名称可能同时受到《商标法》和《地理标志产品保护规定》的保护，这会形成法律适用的冲突。
（三）地理标志产品缺乏质量控制
地理标志产品应该是质优产品，其生产加工应符合有关的工艺和标准。生产地理标志产品的企业应该注重特色和质量，而不是盲目的扩大产量忽视质量。但目前我国有许多企业只顾眼前利益，忽视产品的特色和质量。
（四）我国地理标志缺乏国际保护
我国政府和企业对地理标志的保护大多局限于国内市场。尚未清醒地认识到我国地理标志在国际市场被严重侵害。如在俄罗斯，许多外国生产的“中国茶”被摆在柜台上堂而皇之地出售，使俄罗斯的消费者难辨真假，严重损害了我国地理标志的声誉。
商标法保护与专门法保护的二元模式不利于地理标志法制的统一和保护国家工商行政管理局一直以来依据《商标法》和《商标法实施条例》，负责地理标志（原产地）证明商标和集体商标的注册和管理工作。而原国家质量技术监督局和原国家检验检疫局及现在的国家质检总局则依据各自制定的部门规章，负责原产地域或地理标志产品的保护申请审核，确认保护地域范围以及产品注册登记等管理工作。这种由不同的行政主管机关依据不同的法律、规章对同一类社会经济关系进行调整的做法值得商榷，其弊端是显而易见的。此外，还存在社会主体对地理标志的保护意识落后，维权不力，地理标志滥用严重，救济机制不健全，监管不到位等问题。
