另一方面的反驳意见是认为通过“两权”分离，可以保证审判权的独立运行，不以审判管理权侵夺审判权。因此，既遵循了司法的规律，又保证了对审判的有效监督，促进了司法的廉洁与公正。这也是目前有关单位介绍经验的一个基本观点。而为维系此种“双轨运行”，在具体做法上，则要求院、庭长不能改变合议庭的意见，只能提出建议，或者通过审判长联席会议等方式帮助合议庭，如仍有分歧，则可提交审委会决定。[17]然而，笔者认为，目前要对案件实体问题进行有效的审判管理，不可避免地导致行政权干预审判。因为，目前普遍推行的审判管理中，对案件实体处置所作“层级管理”，主要的手段和方法包括：对重要案件选择办案人员，裁判文书的审查签批，重大、复杂、疑难、新型与敏感案件的组织讨论，甚至对某些案件的处理直接进行行政指导乃至下达指令等，这是审判管理的现实而且由于审判管理的其他内容，以及目前的法院人事管理、司法政务管理，本质上都是行政管理，而处于行政上位的院、庭长因其权力所具有的资源，任何一个审判法官都不会轻视。因此，即使提出的是“建议”，往往也可能是变相的指示。成都中院的“点、线、面”审判管理经验，对于案件实体处理最为关键的一条，是“点上管住重点案件与重点人员”。而要管住，不可避免地要以审判管理权影响甚至在某些案件中决定案件如何处理，即可能在实际上代行审判权。这些做法均与审判独立的要求相冲突。[18]因此，笔者认为，两权分离是相对的。不如在承认两权分离的必要性的基础上，也承认分离的相对性，然后认真研究审判管理权对审判权的影响方式和影响限度并对其进行规范。
其二，仍然不能避免审判与审判管理活动的不规范。审判管理权对实体审判活动的介入，其方式很难界定，各种显在的、潜在的资源，使行政上级具有较强的干预能力，同时这种干预具有很大的不确定性，导致管理的不规范问题。这种不规范主要包括管理对象与内容的不规范，以及管理方式的不规范。由于受到管理能力与司法规律的双重限制，对实体问题的审判管理，主要针对审判客体中的“重点案件”和审判主体中的“重点人员”。但是何为重点，却可能因不同的管理者看法不同而有较大区别。虽然法院加强审判管理的过程中力图界定其范围，而且通过加强审判管理，过去那种对实体审理的行政介入十分随意的状态得到某种程度的抑制，但由于这种管理具有选择性特点，因此不确定性与不规范性仍难避免。另一方面是管理方式的不规范。对实体问题的审判管理，原则上应当是磋商、建议而不指令，但如前所述，由于管理者所掌握的权力资源，磋商、建议与指令常常并无实质区别，有时前者只是后者的一种委婉的表达方式。管理方式的不规范，还因为管理者对案件的介入是不规范的。有别于合议庭的参审与阅卷，院、庭长可能阅卷，可能听审，但通常没有时间仔细阅卷，也没有时间全程听审。[19]其获得案件信息的渠道，介入案件的深度，进行行政指导的方式都是不太确定的，因此参与案件的方式是不规范的。这种不规范的一个重要原因是没有法律程序进行约束；其管理行为是一种内部行为，外部很难进行有效的监督。
其三，可能抑制法官独立负责的精神，扭曲审判行为，乃至影响法院的可持续发展。审判管理的强化，有强化法官司法责任心的功效。流程管理、质量评查和绩效考核，使具体案件的推进状况可见、可控，使任一法官的工作状态可知、可评，因此能够促使法官提高审判质量和效率，其积极意义应当肯定。但目前的管理方式也可能对法官审判心态产生一些负面影响：一是审判权力的集中影响法官独立负责的精神。目前强化审判管理，形成部分审判权力的上收。由此带来一线法官不愿负责，更不敢独立特行，而遇到难题就请示，将矛盾上交的情况趋于突出。法院一线法宫的司法心态堪忧。[20]二是建立在数字管理上的指标考核，可能扭曲诉讼行为。分解指标，严格评查与考核，对审判活动在数字上进行管理，有其管理科学上的积极意义。然而，审判是复杂的、高智能的、诸多因素交互作用的社会活动，不能简单地诉诸数字化管理与评价。否则，难以实现评价的科学性，还由于评查考核中审判指标的重要性与导向作用，法院和法官可能会为了指标考核的需要扭曲审判行为妨碍司法公正，[21]甚至出现人为影响指标乃至弄虚作假败坏法院形象的行为。[22]三是案件负担加重，同时管理趋严，但激励不足，容易产生“约束疲劳”，法院工作的可持续发展堪忧。近年来，诉讼案件大幅增加，法官的工作量加重，尤其在较发达地区，相当一部分一线法官已不堪重负。同时，由于影响、制约法院的内外部因素很多，裁判需考量的因素较为复杂，而法院和法官的权威性又严重不足，使得审理与裁判难度增大。而法院的行政化因素有增无减，同时法官待遇并无明显改善，加上严格的考绩与评查，使不少一线法官对法官岗位缺乏充分的荣誉感与自信心，同时缺乏积极向上的进取心态。如升迁为“某长”无望，则可能希望有好的机会而调离法院或调离审判工作岗位，这种情况较为普遍。[23]
