同时，我们还须注意到，程序公正本身还有它的独立价值，即程序公正本身直接体现出来的民主、法治、人权和文明的精神，这些是不依赖于实体公正而存在的。程序是否公正，是衡量社会公正度的一个极为重要的指标。刑事诉讼法规定的尊重和保障人权、审判公开、保障辩护权、排除非法证据等，都是民主、法治精神的体现。违反诉讼程序，刑讯逼供、非法采证等，是与现代民主、法治精神相背离的。公正的刑事诉讼程序，直接体现了司法活动的民主和人权精神，体现了看得见的正义，同时会使案件的处理客观公正，更容易平衡当事人心理，使社会冲突更容易消除。因此，程序公正不单纯是手段，其本身也是重要的目的。
我国刑事诉讼法秉持实体公正与程序公正并重的理念，并设计了制度保障。但在实践中，长期存在着“重实体、轻程序”的理念和做法，重视对犯罪的打击，忽视程序法，不重视程序公正，认为程序只是一种手段。对此，应当着重予以纠正，以保证刑事诉讼法能够得到严格贯彻；在执法方面，要严格执法，既要严格遵守实体法，也要严格遵守程序法。刑事诉讼的历史充分证明，即使采用不正当的程序也可能在实体上产生正确的结果，但由于程序不公正违背正义的要求，却不能得到被告人及其亲友、社会公众心理上的认同。尤其值得注意的是，忽视程序公正，不严格执行程序法，往往导致冤错案，实体公正的实现就根本无法保证，而且会使当事人及其亲友、社会公众对司法产生不信任、甚至仇恨社会，给社会长久稳定带来隐患。从这个角度讲，坚持程序公正，也是维护社会长久稳定的需要。
实体公正和程序公正，一般情况下是可以统一的，但有时也会不可避免地发生矛盾。比方说对于采取刑讯逼供、暴力等手段取得的证据，如果采用可以查明犯罪事实，却不符合程序公正的要求。对于二者发生矛盾时如何处理，存在不同认识。无论是实体公正绝对优先还是程序公正绝对优先，都会带来一些弊端。因此，当二者发生冲突时，应当从诉讼公正的根本要求出发，按照公正实现最大化原则来作出处理。具体来说，应当按照以下原则处理：(1)不能冤枉无辜。例如，某个证据能够证明被告人是无罪的，而不采用这个证据就必须对他定罪，那么即使是非法取得的证据，也应当采用，因为一个无辜的人被定罪是绝对不能容忍的。又比如，由于错误地认定事实或适用法律，造成错判冤枉无辜的，一旦发现，就必须提起救济程序予以纠错，并给予国家赔偿，不受终局程序和诉讼时限的限制。(2)作出有利于被告人的解释。在刑事诉讼中，较之于强大的国家司法机关，犯罪嫌疑人、被告人处于弱势，作出对他有利的选择，能够在最大程度上减少冤错案，避免一些不可挽回的错误。
