第三，强调惩治犯罪与保障人权并重，意味着实体公正并不是刑事诉讼的唯一目的。在刑事诉讼语境中，在某种程度上，惩治犯罪往往代表了实体公正方面的追求，而人权保障则更多地意味着对程序公正价值的追求。不可否认，“重实体，轻程序”的理念在当前刑事司法实践中还存在着很大的市场，也深深地影响了我国的刑事司法环境。当前，刑事司法实践中暴露出的很多问题，都直接或者间接源自于这种观念的影响。实践已经证明，单纯的实体公正并不能满足民众的公正诉求，唯有建立在程序公正基础上的实体公正才是民众追求的目标。这就要求我们的刑事立法、司法必须与时俱进，更新刑事法治理念，在保障刑事诉讼法的惩治犯罪功能的基础上追求实体公正，在发挥刑事诉讼法的人权保障功能基础上实现程序公正的目标。修改后的刑事诉讼法正是通过强调刑事诉讼法的人权保障功能实现了对其惩治犯罪功能的纠偏，并在此基础上为我们绘制了一幅实体公正与程序公正完美结合的美好刑事法治图景。
最后，强调惩治犯罪与保障人权并重，实际上就是要求刑事诉讼在求“真”的同时还要求“善”。刑事诉讼活动所追求的不仅仅是法治，更是一种善治。刑事诉讼活动不能为了追求惩治犯罪的目的而不择手段，弃基本的社会伦理道德底线于不顾。正义的事业必须通过正义的方式来实现。即使是对于犯罪嫌疑人、被告人，我们也要给予其最起码的尊重与人文关怀。这也就意味着刑事诉讼活动不仅要受到认识论的制约，也要接受价值论的指引，唯有如此，刑事诉讼活动才能够维系人类最基本的价值，实现“善”的价值追求。从这种意义上讲，刑事诉讼活动正是在惩治犯罪这一求“真”的基础上，自觉接受“尊重和保障人权”的价值论指引，进而达到求“善”的目的。
二、惩治犯罪与保障人权:刑事诉讼法修改的两条主线惩治犯罪，是刑事诉讼法作为刑事实体法的实施法所追求的直接目的，这也是刑事诉讼法的基本功能所在。保障人权，则是从价值论的高度赋予刑事诉讼法更高的价值追求，也是刑事诉讼法的终极价值目标。从整体上看，此次刑事诉讼法修改主要是围绕着这两条主线展开的。
