从铁道部方面来说，铁办【2003】117号文件《关于推进铁路主辅分离辅业改制和再就业工作的指导意见》提出，将公检法机关和企业教育卫生机构剥离铁路系统。文件发布后，医院、学校的改革顺利完成，但是铁路公检法的改制迟迟难以展开。文件将铁路运输主业概括为“直接从事铁路客、货运输服务及其主要设备维护管理的生产经营业务及相关管理工作”，公检法显然不怎么与之搭界。改革的主要困难在于舍不得放权——放弃了侦查权、检察权和审判权，意味着放弃一个独立王国的半壁江山。
在上述背景下，铁路司法体制改革就不单单是司法体制领域内的事。此次铁路法检移交地方，既可以说是以司法领域为突破口推动铁路体制整体改革的一部分，也可以说是调整国家行政权、司法权总体格局的一个实验。
多年来，有关铁路改革的讨论从未停止。目前铁路体制的问题集中在两大矛盾上。一是职权与职责的矛盾。铁路部门的本职应当集中于铁路运营活动的监管上，但它既有行政管理权，又作为市场主体参与市场活动，还设有公检法机关。二是行政与市场的矛盾。铁路部门既是市场监管者，又是经营参与者，甚至成为铁路市场的垄断经营者，运网不分，政企不分。一些运输企业则通过法律、行政法规的授权而获得某些行政管理职能，加剧了行政主体与市场主体的混乱局面。这两对矛盾导致铁路系统管理体制异常封闭，难以受到外部监督。加上历史上形成的铁路体制带有的军事化色彩，以及它在当前形势下对于资源调配、国家稳定的重要意义，改革铁路体制不免有一种愚公移山般的艰难感。
但是不改革不行。无论是从建设法治政府、完善现代行政管理体制，还是从理顺行政权内外部关系的角度来说，剔除本不属于铁路部门的权力，改变监管者和被监管者的身份合一，都迫切需要实质地展开。如果铁路体制不进行彻底改革，就不能说政府机构改革已经完成 。
改革是场攻坚战，要面临诸多利益的平衡与取舍。《孙子兵法》有言：“合于利而动，不合于利而止。”站在全局考虑，最大的利是理顺权力配置，优化权力运行机制，说白了就是明确铁路该干什么事，干好这些该干的事。铁路法检回归地方是铁路体制改革中的一个环节。本届政府任期之初推动的大部制改革必然要延续下去，未来一段时期或许推出更多措施，比如政企分开、建设与经营分离，甚至铁道部的整体性调整。
