两害相权取其轻，两利相权取其重。笔者以为，应当在有限肯定指定监视居住存在的必要性的前提下，秉持打击犯罪与人权保障相平衡的理念，针对制度规定中存在的问题进行进一步的改造，以避免实际操作中出现偏差。具体而言，指定监视居住制度的完善应从以下几个方面着手。
1．明确指定监视居住在强制措施体系中的独立地位。尽管新《刑事诉讼法》倾向于提升监视居住的严厉程度，将其视作严于取保候审的措施，但考虑到指定监视居住在法律性质、适用对象、法律后果等方面与住所型监视居住的重大差异，同时顾及其对犯罪嫌疑人、被告人人身自由限制程度的独特性，仍然可以考虑将其从监视居住中剥离出来，成为一种独立的强制措施类型，但在具体称谓上可以作进一步讨论，以便与现有的监视居住相区别。同时，在法律后果上，对新《刑事诉讼法》的相关条款进行修订，明确规定犯罪嫌疑人、被告人因无固定住处而被指定居所进行监视居住的情形不具有折抵刑期的法律后果。
2．采用“准司法化”的适用程序。鉴于指定监视居住对犯罪嫌疑人、被告人人身自由影响的严重程度，有必要比照审查逮捕的决定权限交由检察机关、审判机关进行外部审批的做法，在适用程序上参照新《刑事诉讼法》的其他规定，采取听证式的决定模式，并且在后续的指定监视居住过程中对其继续适用的必要性进行审查。为此，公安机关提请指定监视居住的，由检察机关在讯问犯罪嫌疑人或听取其辩护律师意见的前提下审查，决定批准与否；检察机关提请指定监视居住的，由法院在讯问犯罪嫌疑人或听取其辩护律师意见的前提下审查，决定批准与否。在批准并实施指定监视居住以后，审批机关（检察机关或法院）应当进行定期或不定期的监督检查，并可根据案件情况直接改变或取消该措施的继续执行，以防止或消除可能存在的权力滥用，如变相羁押、不当讯问等。
3．细化适用范围。在适用对象上，囿于有关案件中犯罪的危害后果、犯罪嫌疑人人身危险的严重性和难以控制性，可以将危害国家安全犯罪中的间谍罪、叛逃罪、恐怖活动犯罪排除在指定监视居住的适用范围之外，因为对这些案件的犯罪嫌疑人采取羁押措施可能是一种更好的选择。有鉴于此，笔者认为，或许职务犯罪和某些情形下的危害国家安全犯罪应该成为指定监视居住适用的主要案件范围。[15]
4．确保适用的妥当性。一方面，确保指定居所的适宜性。指定监视居住作为一种限制人身自由强度较高的强制措施，一旦适用，便会对犯罪嫌疑人的人身自由、生活自由等带来非常大的影响。因此，在考虑司法资源可承受的前提下，应保证指定居所一定程度的适宜性，确保必要的饮食、住宿和卫生条件。另一方面，明确规定“监视”的方式。应对居所内的监控如何能做到既不妨碍侦查、又不过度限制人身自由、保障被指定监视居住人的隐私权这一问题进行制度性思考。笔者以为，不应过度监控其室内日常生活，如果严密控制犯罪嫌疑人在室内的人身、活动自由，则其事实上已经变为在非看守所执行的关押。在此情形下，既有违不得变相羁押的立法本意，又存在执行成本过于高昂的问题，反倒不如直接予以羁押。只有在不需要严格控制犯罪嫌疑人在室内的人身、活动自由也能确保安全性的情形下，才更适宜采用指定监视居住措施。
