此外，将指定监视居住纳入监视居住强制措施中，还存在适用的公平性问题。根据新《刑事诉讼法》第73的规定，此次修法并未区分指定监视居住的不同情形，即未将因在办案所在地无固定住所而指定居所监视居住的情况与因涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、特别重大贿赂犯罪而被指定监视居住相区分，却都同样适用折抵刑期的法律后果，尽管两者在“监视”的内容和力度上很可能有较大差异。犯罪嫌疑人因在办案机关所在地没有固定住所而被适用指定居所的监视居住，除了居住地点不同外，其适用条件、适用内容等方面都与住所型监视居住没有实质差别，但两者的法律后果却截然不同（即后者不能折抵刑期），这对适用住所型监视居住的犯罪嫌疑人、被告人来说，显然有失公平。
三、指定监视居住的制度化完善实际上，学界既往已对监视居住应否予以取消颇有争议，[12]社会公众也对此次新《刑事诉讼法》新增的指定监视居住措施充满了担忧和不安。[13]但是，如果我们站在客观的立场，着眼于指定监视居住功能实现的角度进行分析，可以发现，这一制度不是完全没有存在的必要性和合理性。过往学界对监视居住的指责主要集中在实践中某些监视居住存在监视居住场所指定化、指定居所监视居住羁押化从而沦为变相羁押等问题上。而这主要是法律适用问题，并不能在价值或功能上彻底推翻该制度存在的必要性，而且还可能恰好说明了对某些案件指定监视居住的效果还是不错的，可以避免陷入对不适宜取保候审、住所型监视居住的犯罪嫌疑人放任自流或对不符合羁押条件的犯罪嫌疑人不当羁押的两难困境。尤其是实践中，大量的职务犯罪案件都是先行采取“双规”、“双指”等纪律措施而得以侦破的，更凸现了其在特定刑事案件中适用的现实价值。新《刑事诉讼法》将其“变相”纳入强制措施体系中，或许有助于以法定措施取代纪律措施，从而对违法违纪案件查处和侦查实践中的习惯做法加以有限承认、改造：将其纳入法制化轨道的同时，将适用范围限定在相当严重的刑事案件中。因此，如果借此能将“双规”、“双指”纳入强制措施体系进行规范和进一步控制，逐步减少乃至最终取消“双规”、“双指”则至少部分回应了社会公众和学界对其合法性的担忧，在有效打击犯罪的同时，也可能有助于更好地保障人权。当然，在新《刑事诉讼法》实施之前，这更多的只是一种良好的愿望。
此外，从比较法的视角考察，也无法得出指定监视居住应当废除的结论。尽管不同国家刑事诉讼法中限制人身自由强制措施体系的规定并不同，监视居住也不一定被作为独立的强制措施存在，但这些国家都不同程度地存在功能上相类似的制度。例如，在英国的附条件保释制度中，法官除了可以要求被保释人定点居住、禁止前往指定地点或只能呆在离指定区域一定范围内的地方等一般条件外，对一些特定案件的被保释人还可以要求其必须住在指定的保释公寓（或称保释招待所），并适用电子监视等特定处遇。在适用条件方面，除了对无家可归或无稳定住所的被保释人可以适用外，对有多次犯罪记录、再犯可能性较高的被告人，犯罪行为与住所地有关的被告人，或者对被告人的行为如果不在社会上进行监督就可能使公众处于危险之中等情形，也可以适用。在具体执行过程中，至少有两名警员全天候地负责帮助被保释人的起居和监督他们的行为，法院可以要求被保释人在特定时间内呆在保释寓所，如果被告人在法院规定的限制时间内没有返回保释寓所，则立即通知警察并将其逮捕，也可以对被保释人进行每天24小时、每周7天的监督。[14]尽管保释在限制、剥夺人身自由的强度方面，不如中国实践中的“双规”、“双指”等软禁式指定监视居住，也不同于此次新《刑事诉讼法》相关规定实际上可能蕴含的控制力度，但都或多或少包含类似于新《刑事诉讼法》规定的指定监视居住措施的内容，这说明了与指定监视居住相似的制度并非中国完全独有。在此意义上，需要思考的问题可能是如何构建既不过分、又与实际相适应的适当化的指定监视居住制度。
