2．适用的外部控制问题。根据新《刑事诉讼法》第73条的规定，指定监视居住的审批主体为侦查办案机关的上级机关——上一级人民检察院或者公安机关。尽管这样规定体现了侦查机关系统内部上下级之间的科层控制，具有一定的合理性，但将这种意味着被适用者人身自由会受到较高强度、长期性限制的强制措施，交由与侦查利益具有直接关系的侦查机关一体行使决定权和执行权，权力是否会被滥用，不能不令人怀疑。而事实上，外界担忧这一中国式措施的诞生是侦查机关与立法机关博弈的产物，在实践中可能引发不正当审讯、变相羁押之类的后果。这种担忧不无道理。这是因为：一方面，尽管立法者规定羁押后的审讯主要应在看守所进行以防止羁押案件中的不当讯问，但在强制力度类似羁押措施的指定监视居住被适用的情况下，讯问却往往会在一定的居所展开，这与看守所讯问的相对控制化、有限化的差异颇大。因为从以往的经验来看，在没有外在限制和约束下展开的讯问似乎更易发生问题。另一方面，尽管立法明令禁止其成为变相羁押，但实际上，不得变相羁押的规定与控制下的指定监视居住有可能发生难以解决的冲突，因为接近羁押的指定监视居住事实上难免成为一种类似于变相羁押的措施。另外，尽管指定监视居住对人身自由的控制强度或许不如羁押，控制的内容也相对有限，但在控制时间上却长于常态羁押，适用期限可以长达6个月，可以折抵6个月的管制、3个月的拘役或3个月的有期徒刑刑期，这已经长于一般的逮捕羁押期限（通常为2—3个月）。由此观之，其在法律后果的严厉性方面并不亚于羁押。显然，将逮捕交由侦查机关以外的外部机关进行审查控制，却将时间可能更长且实质上具有一定羁押性质的指定监视居住交由具有高度利益关联性的上级侦查机关决定，无论在逻辑上还是法理上都说不通。[10]当然，新《刑事诉讼法》也规定检察机关对指定监视居住的决定和执行是否合法进行监督，但这并非是日常性的监督和外部控制，其成效如何，同样难以作出肯定的判断。
3．适用的制度成本问题。与羁押性措施在专门的羁押场所执行、实行集约化统一管理有所不同的是，指定监视居住采用的虽然是分散式的监视模式，监管条件也略松于羁押，但具体个案中所需要投入的人力、物力、财力等司法资源却不会低于甚至可能会高于具体的羁押个案。因为羁押场所的建设尚可以“毕其功于一役”，且集中、重复使用率高，但指定监视居住并没有专门的执行场所，新《刑事诉讼法》甚至明令禁止指定监视居住在专门的羁押场所或办案场所执行。这自然就会增加场所选择或建设的成本。一般而言，用于指定居所（往往是单人单房式居住）的成本（主要是租赁成本）会高于可反复使用、实行多人集体居住的看守所。羁押场所由于实行统一的管理制度，因此投入较少的警力、警戒设备等就可以实现对较多被羁押人的管理。而指定监视居住不但需要投入专门的监视警力，且由于缺乏或难以安装针对个人的警戒设备，因此，为控制一个个分散化的被指定监视居住人不得不投入更多的人力。[11]个体化、个案化、分散式监管模式所要求的是高成本的投入，这对于资源紧缺、任务繁重的司法机关而言，必将是一个严峻的考验。当然，对这一制度实际的成本耗费和效果评估，还有待新法正式实施后的谨慎观察。
