当前铁道、农垦、林区检察院、法院还都是企业编制，一些林区、石油、煤炭所在地检察院、法院还是政企合一院。这是不合适的，这不但导致部分地区检察权、审判权地方化和随属化，还导致检察权企业化。国家有必要将这一部分检察官纳入中央政法专项编，统一由最高人民检察院、最高人民法院管理。
检察院、法院各项经费（包项业务经费、行政费、基层费和所在人员工资）应实行单列，列入国家预算、经全国人大批准后，国家财政部门统一拔款，由最高检察院统一支配和管理，禁止地方和企业给补助和捐款，以杜绝地方企业对检察权、审判权行使的影响。
二、建立公开、平等的进入机制在检察院和法院的人员管理上，应当由省级组织人事部门会同检察院和法院建立法检录用委员会，单独制定录用标准条件，组织考试，坚持公开、平等、竞争、择优的原则，采取公开考试与严格考核相结合，择优录用，以客观公正的方式录用。而不是同其它党政机关一样的公务员考试，来录用书记员、普通的科员、办事员和司法警察。而对检察官和法官，由省级人大内务司法委员会根据全省检察院和法院缺额情况从通过司法考试的人员中考核录用。
三、建立客观公正的业务工作机制在检察院和法院是以办案为核心的，要遏制司法腐败、促进司法公正，必须解决好办案人负责制，即办案人对办理案件负全责，不办案者不负责，不办案者不能对案件发表意见也不能施加影响。即在检察院大力推行主诉（主办）检察官制，在法院真正实行合议庭制和独任审判制，办案人对事实的认定和法律适用负全责，只有在办案人认为自己无力负担起案件的办理，检察长（院长）才可以更换办案人，如果办案人完成对事实的认定后，在法律适用上存在困难时，才可以请求检察委员会或审判委员会对适用法律进行讨论，检察委员会或审判委员会只在如何在适用法律上做出决定，同样，检察委员会或审判委员会只承担因自己决定适用的法律错误时，才承担因适用法律错误造成的后果。检察长和院长及科处长、庭长负责行政领导、后勤保障、监督工作，不对案件发表意见（自己办的案件除外）。党的政法委，负责政策制定，领导人员的配备、监督工作，不对案件发表意见，不影响办案。
从制度上，还要建立“高薪养廉”制，即国家通过提高司法工作人员的薪金，使司法工作人员热爱工作，生活无忧，从而没有必要再去利用职务犯罪等谋取私利。需要明确的是“高薪养廉”只是预防遏制司法腐败的众多措施中的一种，是遏制腐败体系中的一环。而“高薪养廉”并非让国家盲目地、不顾现实地提高司法工作人员的薪金，而且要打破“大锅饭”的传统，根据德、能、勤、绩来确定司法工作人员的薪金，要保证司法工作人员的薪金处于整个社会各行业的中上等，应当高于普通公职人员的薪金水平。要通过“高薪养廉”达到这样的目的：一是让司法工作人员在社会上处于中上等生活水平，并不断提高；二是让司法工作人员有荣誉感；三是让司法工作人员，能珍惜自己的工作，有危机感。
