（二）缺乏排除非法证据的操作规程刑事诉讼过程中难免会出现基于采信非法证据而进行的错误追诉或错误裁判，非法证据排除旨在纠正这些错误。而“在整个刑事诉讼过程中，错误成本的先期支付要优于其后期支付”。[5]因此，审前阶段排除非法证据比审判阶段更具有诉讼成本上的优势。由于上述相关规定对检察机关在审查逮捕、审查起诉阶段的非法证据排除只是简略地提出了要求，没有设置相应的程序性规则，导致在司法实践中检察机关排除非法证据也只能参照法庭排除非法证据的程序规则来进行。由于规定过于简单，因此在缺乏统一标准和操作规程的情况下，不同地区的检察机关对于非法证据排除职能的理解势必也难以统一。有能力、有意愿进行探索研究的检察机关尚可逐步完善具体工作机制从而形成具体方案，[6]但更多的检察机关却只能等待相关具体规程的出台，甚至有可能全然忽视审前阶段对非法证据的主动审查排除。可以说至少到目前为止，赋予检察机关排除非法证据的职权只是一种纸面上的宣言，具体的排除程序如何进行在实践中仍然难以统一把握。因此，应该设置相应的程序规则，以增强检察机关排除非法证据的可操作性。
（三）非法证据的证明责任分配不明基于现代司法理念所主张的无罪推定原则，我国刑事诉讼法也强调了控诉方负有证明犯罪嫌疑人、被告人有罪的证明责任，被追诉人无须承担证明自己有罪或无罪的义务，但对程序性事项特别是程序性辩护事项证明责任分配的规定却并不明确。具体到应当由谁证明某一证据缺乏合法性进而需要予以排除这一问题，法律更是没有具体涉及，这就为非法证据在司法实践中被广泛采用留下了隐患和辩解的理由。
《非法证据排除规定》第6条规定：“被告人及其辩护人提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭应当要求其提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索或者证据”；而第7条又规定：“经审查，法庭对被告人审判前供述取得的合法性有疑问的，公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据……对该供述取得的合法性予以证明”。这两条规定都涉及证明责任的分配问题，无疑具有重要的意义。但是，由于语义表达的不够统一，这种规定极易导致不同职业群体对究竟谁负有证据合法性的证明责任这一问题在理解上存在重大分歧：依据《非法证据排除规定》第6条的规定，作为控诉一方的侦查机关和检察机关就有可能会认为，辩护方就自己提出的证据系非法取得的主张负有“应当提供”相关线索或证据的责任，即如果辩护方主张证据系非法证据，就必须提供相应证据和线索，并达到一定的证明标准，这实际上是遵循“谁主张谁举证”原则的证明逻辑。但是，这种逻辑用在此处明显不合理。因为其基础在于假定侦查机关收集的所有证据均是合法所得，只要辩护方无法证明证据系非法取得就无法影响证据被法庭所采纳。实际上我们并无理由作出这样的假设。因为侦查机关所收集的证据也并非天然合法，让辩护方承担非法证据的证明责任只会让控辩双方的实力对比愈发悬殊。当然，出于诉讼方便或诉讼经济的考虑，同时也为了防止辩护方无限制地发动排除程序，要求辩护方提出的合法性质疑必须有一定的线索或证据作为支撑也是合情合理的。由上可见，要消弭这些理解和适用上的争议，就必须在今后的立法和司法解释中明确规定非法证据排除中的证明责任分配。
