司法实践中，在认定渎职犯罪上，被告人经常把自己的渎职行为与危害结果之间没有因果关系，作为无罪辩解的根据；一些法院的无罪判决的理由，也是以无因果关系为由。据最高人民检察院渎职侵权检察厅对2006年全国检察机关查办的渎职侵权案件被判无罪的案件分析，全年被判无罪54件/56人，其中对因果关系研究把握不准，或认识不统一而判无罪的16件，占无罪案件的30%.[8]如何认定渎职犯罪尤其是玩忽职守类犯罪的因果关系，最高人民检察院1987年8月31日《关于正确认定和处理玩忽职守罪若干意见（试行）》曾就如何认定玩忽职守犯罪责任作过规定，但存在一定的缺陷：它以必然因果关系为基点，把玩忽职守责任人员限定在行为与危害结果之间有必然、内在、直接联系的人员上，缩小了责任追究范围。由于对因果关系研究不多，把握不准，实践中，如何追究玩忽职守犯罪行为人的刑事责任？追究谁不追究谁？随意性很大。因此，加强对渎职类犯罪因果关系研究，提出权威的指导性意见应是当前检察理论研究的一个重点课题。
七、法定刑起点低，幅度小，配置不合理
刑法第九章规定的37个渎职罪名，其中18个罪名的量刑起点是3年以下有期徒刑或者拘役，7个罪名最高刑为三年以下有期徒刑，12个罪名为七年以下有期徒刑，10个罪名为10以下有期徒刑，2个罪名为10年以上有期徒刑。具体而论，刑法第九章存在如下几个方面的刑罚配置不合理问题。
一是刑罚配置与社会危害程度不协调。社会危害性是刑罚轻重的重要依据，由于渎职罪的社会危害性长期以来不为人们所认识、认同，导致渎职罪刑罚配置法定刑偏低。特别是对于主观恶性较大的滥用职权渎职犯罪，刑罚显然偏轻。
二是故意犯与过失犯之间刑罚失衡。397条“滥用职权罪”与“玩忽职守罪”，398条“故意泄露国家秘密罪”与“过失泄露国家秘密罪”，399条第三款“执行判决裁定失职罪”与“执行判决裁定滥用职权罪”，不仅把故意和过失两种犯罪规定在同一条文里，而且规定了相同的法定刑，刑罚失衡。《刑法修正案（八）》第49条新增加的第408条之一规定：“负有食品安全监督管理职责的国家机关工作人员，滥用职权或者玩忽职守，导致发生重大食品安全事故或者造成其他严重后果的，处五年以下有期徒刑或者拘役；造成特别严重后果的，处五年以上十年以下有期徒刑。”此规定完全是刑法397条的翻版，渎职行为方式包括了“滥用职权”和“玩忽职守”两种，但十分令人费解的是，最高人民法院、最高人民检察院《关于执行＜中华人民共和国刑法＞确定罪名的补充规定（五）》直接把该规定的罪名确定为一个罪名，即“食品监管渎职罪”，这与“两高”对397条确定的“滥用职权”、“玩忽职守”两个罪名明显是矛盾冲突的。
