“判决说”失之过严，采用其它观点也难成立，毕竟“未经人民法院依法判决，对任何人不得确定有罪”是刑诉法的基本原则。正因为如此，检察机关在查办这类案时就会有许多的顾虑（主要担心“原案”认定不了，而导致渎职罪无法认定或者被判无罪），因此，在查办相关的渎职案件时，通常都不会只有举报材料上，至少还要有司法机关对“原案”做出立案甚至判决。这就衍生出了另外的问题，即“原案”的侦查管辖权。
对于“原案”的侦查管辖问题，2000年5月29日最高人民检察院通过的《关于加强渎职侵权检察工作的决定》（下称《决定》）第9条规定：“‘原案’的管辖原则上还是由有管辖权的机关管辖。但对于重特大渎职犯罪案件所涉及的必须及时查清的案件，经上级检察机关同意，可以并案侦查。”这个规定，首先说明“原案”的管辖权基本不属于检察机关，因为“原案”所涉及的案件绝大多数不属于检察机关管辖。那么，检察机关为了立案查办渎职案件，就需要监督、督促其他有管辖权的机关对“原案”进行立案侦查，甚至还得等侦查终结、起诉、判决。而一些“原案”的涉案人员就是对“原案”有管辖的机关的工作人员，比如，公安机关工作人员徇私枉法，需要对涉嫌的公安人员枉法的“原案”进行侦查，而“原案”的管辖机关仍然是公安机关，这样，在实践中操作起来更增加了困难。
另外，《决定》关于“原案”的管辖规定与刑事诉讼法关于案件管辖的规定也是有冲突的。《刑事诉讼法》第18条规定：“国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件，需要由人民检察院受理的时候，经省级人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。”而《决定》规定“由上级检察院批准”，显然有冲突。再者，对“原案”的侦查，即使没有管辖的争议，但往往由于渎职者的渎职行为导致“原案”的行为人逃跑、串供、毁灭证据以及发案时间较长等等因素，查证起来也非常困难。
六、渎职罪案因果关系复杂、争议大
因果关系是刑法学上的一个重要理论，也是司法实践中的疑难问题。因果关系的复杂性，从因果关系学术派别林立就可见一斑。存在的学术理论主要有：近因说、普通因果关系说、政策说、预见说、相当因果关系说、条件说、两层次理论（即把原因分为事实原因和法律原因）等等。前苏联和我国主要是存在必然因果关系和偶然因果关系的纷争。
长期以来，我们采取的都是必然因果关系说。即当危害行为中包含着危害结果产生的根据，并符合规律地产生了危害结果时，危害行为与危害结果之间就存在必然因果关系；并且强调，只有这种关系才是刑法上的因果关系。应该说，对于绝大多数犯罪，都能用必然因果关系得到解释，也就是说绝大多数犯罪都是由必然因果关系构成。我们也往往习惯了用必然因果关系来解决司法实践问题。在查办贪污贿赂犯罪的过程中，很少讨论因果关系的问题（当然不是说贪污贿赂犯罪不存在因果关系，而是贪污贿赂犯罪的因果关系比较清楚、明了），但由于渎职案件许多都是过失犯，结果犯，行为与结果之间的联系相对故意犯罪就要显得松散、不明显。加之，犯罪都是在履行职务的过程中发生的，正常的履职行为与渎职行为交织在一起，更增加了判断行为与结果之间因果关系的。难度。导致司法实践中出现“为公滥权不违法、为公滥权不犯罪”的认识。渎职罪因果关系的特殊性在于：1.原因的多重性，亦即我们平常说的一果多因。渎职罪案危害结果的发生，往往为多个原因所致，而非单个原因所为。在多个原因中，有的是其他人的违法行为，有的是被害人的自身行为，有的是自然因素。比如，刑法418条，“招收公务员、学生徇私舞弊罪”其中有一条立案事由：即因徇私舞弊招收不合格公务员、学生，导致被排挤的合格人员或者近亲属自杀、自残造成重伤、死亡，或者精神失常的，按照必然因果关系能成立吗？除了行为人的渎职行为，关键还有被害人的行为所致。这种因素的多样性，使得人们在按照传统因果关系原理来判断时，总会遇到疑惑。渎职罪因果关系的多样性表现在司法实践中对案件的认定处理上，往往形成“责任分散，难于认定”的认识。2.因果联系的间接性。不少渎职行为和结果之间的联系并非直接联系，而是间接联系。比如多发的责任事故，事故发生的直接原因往往是现场工作人员违章操作导致的，相关监督失职只是事故发生的条件。3.不作为原因的普遍性。很多渎职行为都和不作为行为有关，而不作为行为往往不可能直接导致危害结果的发生，有的是多个不作为再加上一些乱作为才导致结果的发生，因此，因果关系判断起来争议多，难统一。
