然而，在20世纪90年代中期，中国市场经济还不算发达，国民经济总量还很小。当时，每年政府财政的总盘子只有5000多亿元。随着经济迅速发展和财税大幅增加，《预算法》和《实施条例》颁布实施不久，诸多问题和弊端就很快出现了，这些问题被全国人大预算工委主任高强归纳为六个方, 面：对预算编制完整性缺乏明确表述；对规范预算管理执行缺乏严格约束；对财政机制, 和转移支付制度缺乏明确表述；对地方政府的债务审批、管理、使用、偿还等缺乏具体规定；对预算监督和违法行为追究缺乏可操作性；以及对预算公开缺乏明确要求等（见《财经》记者王毕强的《预算修法有限进步》一文）。于是，1997年，全国人大提出修改《预算法》的动议。经全国人大与国务院的反复协商，2004年全国人大正式启动了《预算法》的修订议程，并在2006年由全国人大预算工委会牵头起草了《预算法修正案》第一稿。据悉，这一修正案曾借鉴了世界上许多国家预算制度的优长和经验，强调了对政府部门财政收支预算及执行的限制和监督，是一部比较接近现代民主政治精神的草案。然而，这一修正案草稿招致国务院有关部门的质疑和抵制，被束之高阁。
但中国预算制度的诸多弊端随着政府财政收入的“蛋糕”越做越大而愈显突出。无论全国人大财经委的一些官员、全国人大和政协代表，还是财政学、税法学专家，乃至一些宪法学和经济学学者和一些关心中国未来改革进程的社会有识之士，近些年来一直呼吁和敦促重新修订《预算法》。2009年的第十一届全国人大决定重启预算修法进程，并成立了由全国人大预算工委主任高强牵头，由人大预工委、财政部、国家发改委、审计署等十几部门联合组成的新《预算法》起草小组。
这次重启预算修法，与上次有很大不同，先由全国人大预工委和财政部分别起草一份草案，最后在2010年“拼出”一个双方共同认可的“修正案（草案）”初稿，随后又在国内一些部门和专家学者之间小范围闭门征求意见（笔者曾参加了一次讨论会），进行修正。经过内部复杂“博弈”和多年蹉跎，2010年12月，全国人大预算工委最后将预算法修正事宜转交给国务院。过去两年间，时有传出新预算法草案将“上会”（审议）的消息，但至今这一草案仍没有提请全国人大常委正式审议。
