二、本案的处理原则
1、A建设公司与马某所签订的项目承包经营责任书的处理原则
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。根据该规定，如果发生了以上情况，处理时应该按已完工程是否合格作为分水岭进行挂钩处理。该《解释》第五条规定，承包人超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，不予支持。这条规定所谓的没有资质的当事人事实上是有承包工程的实际能力的，这叫资质处于浮动情况。关于总分包之间是否可以适用《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条之规定，我们认为转包或者违法分包造成合同无效，其处理的原则仍看已完工程的质量是否合格而定。
建设工程施工合同领域受到不同领域的多不法律及其他规范性法律文件调整。法律、行政法规和部门规章中调整建设工程施工合同领域的强制性规范就有六十多条，如果违反这些规范都以违反法律强制性规定为由而认定合同无效，不符合《中华人名共和国合同法》的立法本意，不利于维护合同稳定性，也不利于保护各方当事人的合法权益，同时也会破坏建筑市场的正常秩序。我们认为，法律和行政法规中的强制性规定，有的属于行政管理规范，如果当事人违反了这些规范应当受到行政处罚，但是不应当影响民事合同效力。因为建设工程领域的合同的目的来说，一是为了保障建设工程的质量，二是为了维护建筑市场公平的竞争秩序。
2、关于“管理费”的处理原则
关于管理费可否认定为非法所得的问题，法院是否应当收缴。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条之规定，承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。关于非法所得的问题，目前法律没有明确的界定。本案中，A建设公司与某大学所签订的建设工程施工合同是有效的，建设公司为该合同的签订参与了招标投标工作并投入了人力、物力，且在A建设公司与马某所签订的项目承包经营责任书后，成立了项目管理班子，派驻了技术人员等，负责工程质量、进度及安全的跟踪监督等。从我国合同法的目的和民法的公平原则来说，不宜认定为非法所得。从再审判决来看，再审判决认定管理费为非法所得，则从我国合同法的目的和民法的公平原则来衡量，既然针对一个无效合同所产生的管理费为非法所得，则马某从承包的工程中所获取的利润同样也应该认定为非法所得。因此，从维护建筑市场的正常秩序和合同目的出发，以及从当事人对管理费的约定来看，在合同当事人双方约定不违背社会公共利益的前提下，且该工程质量经过验收合格，是有利于建筑市场的稳定与发展的事情，司法机关应该尊重当事人的真实意思表示即意思自治和维护当事人的合法权益出发，不应该认定该管理费用为非法所得。
