（三）重建补偿制度
以征用土地使用权为基础，则不存在土地补偿费在各层级之间分配的问题，全部补偿费用应归属土地使用权的权利主体——农民。那么，合理的补偿制度则需要在以下几方面不断完善。
第一，以土地使用权为核心扩大补偿范围，特别增加对失地农民间接损失的补偿。从现行《土地管理法》规定的土地补偿费、劳动力安置补偿费、地上附着物和青苗补偿费扩大到土地承包经营权（土地使用权的直接体现）损失、残余地（土地利用效率低下）损失、搬迁费及其他必要费用支出的补偿等。
第二，确立以市场价格为基准的补偿标准。改革当前土地补偿费“产值倍数法”的计算标准，逐步推行土地“片区综合价”政策。根据城市发展总体规划，按地段、地类等将城镇土地划分成若干区片，每一区片确定一个相对合理的基准地价，同时结合城镇基准地价对现存的农用地按地段、实际种植作物等因素进行农用地分等定级，作为征地补偿的市场价值，进行定期公布，在统一征地时实行统一的补偿标准[5]。
第三，以失地农民现实需求为参照完善补偿方式。根据失地农民对征地后生活方式的不同选择，采取多样化安置补偿，特别注重确保失地农民的社会保障权。如货币补偿可以采取分期或终身制，增加土地债券安置方式、入股分红安置方式等。
（四）规范征补程序
在征补程序的合理化方面，首先要加强对征收目的的合法化审查，即是否符合公共利益。要建立专门的独立于政府机构之外的审查机构，在征地之前对其目的进行专项审查。同时在征地公告中对征地目的的合法性进行专门说明从而保证公众的知情权。
其次，要提高征地程序的公开性，保障失地农民的参与权。公开性要贯穿于集体土地征收程序的全过程，征地前公开拟订的各种集体土地征收实施方案，征地中公开用地审查的过程和结果及征地的每一进程，征地后公开补偿安置的内容和结果。失地农民参与权的保障要真正使农民参与到征地过程中来，在“两审批”程序中引入征地农民的介入程序，给予他们法律程序上的决定权及抗辩权。同时加强听证会立法，将听证会、征求意见等程序贯彻到征地审批、补偿安置方案制定等的关键环节中，充分听取被征地农民意见，且制定保障性机制确保及预防“听取意见”不流于形式，确保听证“过程”不演变成“过场”。可尝试将听证会及征求被征地农民意见等材料作为征地审批文件的必要组成部分。
