缺乏案件线索来源也成为制约检察机关查处破坏环境资源犯罪的瓶颈问题。在破坏环境资源犯罪中，环境监管失职罪、违法发放林木采伐许可证罪、非法批准征用、占用土地罪、非法代价出让国有土地使用权罪、徇私舞弊不移交刑事案件罪等国家工作人员贪污贿赂、渎职类犯罪由检察机关直接立案侦查。
依据现行法律，检察机关对行政执法的监督，主要有两个方面：一是监督行政机关办理的案件中是否有涉嫌犯罪而未将其移送给公安机关处理的情况；二是监督行政工作人员在执法的过程中是否存在滥用职权、徇私舞弊等犯罪行为，如构成职务犯罪，检察机关可立案侦查。
现实中面临的困境是：由于行政执法机关移送涉嫌犯罪案件是刑事立案的前奏和准备，如果行政执法机关拒不移送涉嫌犯罪案件，公安机关无法立案，检察机关的立案监督权和诉讼启动监督权也会落空。在查处职务犯罪方面，除当事人报案、控告、举报和自首外，检察机关缺乏了解和调查行政执法行为的必要手段，难以发现行政执法人员执法过程中的职务犯罪行为。同时，在违法发放林木采伐许可证罪、非法批准征用、占用土地罪、非法代价出让国有土地使用权罪等渎职犯罪中，执法人员与行政相对人（被执行对象）往往有着某种利益关系，行政相对人自己也是受益者，不会去举报，由此导致检察机关面对行政执法职务犯罪行为时束手无策，涉嫌犯罪人员逍遥法外的尴尬局面。如犯罪嫌疑人王某在某县环境保护局副局长期间，身为负有环境保护监管职责的国家机关工作人员，在负责排污费核定、收缴过程中，违反国家法律规定，严重不负责任，致使多家公司少缴排污费共计300余万元，给国家造成重大经济损失，由于犯罪比较隐蔽，受益人不愿举报，查处起来难度较大。
此外，渎职犯罪轻缓刑趋向明显，犯罪风险和犯罪成本较低。如某市审查起诉的三起环境监管失职罪中，没有一人获实刑，全部为缓刑、罚金或管制，这在一定程度上影响了查处此类案件的社会效果。
最后一个深层次的原因是地方保护主义的影响，因为大部分污染企业是当地的利税大户，查处环境污染犯罪案件有时得不到地方党委政府的支持，甚至阻力重重。 三、遏制黄三角破坏环境资源犯罪
（一)完善相关法规
由于破坏环境资源犯罪具有行政从属性、危害长期性、危害结果多样性、因果关系的复杂性等特点，应尽快完善破坏环境资源犯罪的法律法规。
