二是因果关系的认定。刑法规定了污染环境罪，这种事故是否构成犯罪只是指突发性的事故，但对于一些大型企业造成的持续、慢性污染，尽管其危害性极大，但由于造成的财产损失和身体损伤很难计算，因果关系难以证明，是否还能以刑法来规范，司法解释也未明确。在因果认定方面还存在的问题：环保专项资金没有按照规定专款专用，而是用于建办公楼、购置车辆等行政机构经费的行为应该如何定性；由于环保部门工作人员监管不到位，致使环保专项资金使用单位没有将环保专项资金用于环保项目，而是用于生产经营等其他用途的，是否可以认定为直接经济损失；犯罪嫌疑人造成的“公私财产损失”如何认定等（目前，检察机关查办环境污染渎职犯罪案件也涉及到这方面因素，一般是先有受贿犯罪事实保底，再挂上环境污染渎职犯罪）。
三是证据的固定和收集。主要集中于两个方面：一是行政执法中收集的证据的法律地位及证明规则等问题。目前，行政执法与刑事司法衔接机制的规定比较详尽，对行政执法过程中涉嫌犯罪案件的移送条件、基本程序及工作时限等都作了明确要求，但案件移送到刑事侦查起诉阶段，对行政执法过程中形成的证据的法律地位没有作出规定。如将具有治理污染工程资质的企业测算结果，本着就低不就高的原则，经物价局确认，作为计算案件经济损失是否可行，是否能作为刑事证据直接予以使用。如果不解决行政执法中收集的证据的法律地位及证明规则等问题，显然不利于行政执法涉嫌犯罪案件进入刑事司法程序。二是证据的认定问题。在实际办案中，要从证据角度来决定环境污染犯罪。其中，主要证据之一就是由相关部门做出的测评或鉴定报告，如果有关行政主管部门认定企业污染，实际上就等于承认自已渎职犯罪，同时，随着环保、国土、农业部门人员渎职犯罪案件的查办，相关部门往往会出现抵触情绪，这些因素造成了行政执法机关在工作上的不配合，这方面的证据线索也很难找到。
四是行政执法人员与司法人员不了解相关方面的专业知识和法律知识，导致案件难以突破。破坏环境资源案件往往专业性较强，相关鉴别和鉴定程序复杂，这给执法人员增加了办案难度。部分执法人员缺乏刑事法律知识，在识别罪与非罪、证据的收集、鉴定及保全等方面经验不足。
（三）缺少案源
