检、法两院的司法解释也存在诸多矛盾之处。如最高人民检察院《关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》第408条环境监管失职罪第3项规定：造成个人财产直接经济损失15万元以上应予立案。而最高人民法院《关于审理环境污染刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第1条：刑法第408条规定的“公私财产遭受重大损失”是指“致使公私财产损失三十万元以上”。如此，对于不履行环境监管职责，造成公私财产直接经济损失15万至30万元之间的行为是否应该立案追究，实践做法不一。
（二）实务难题
在实践操作层面，损失价值的评估、因果关系的认定及此类犯罪有关证据的固定和收集在实践中不好操作。
一是有关损失的计算评估问题。按照现行法律规定，很多破坏环境资源行为的犯罪除犯罪行为和犯罪结果要有直接的因果关系外，还必须是造成重大损失、达到一定数量或出现严重后果，而这些情况，都需要有法定的机构（部门）中有专业资质的人员来鉴定或认定，才能符合证据规则要求。如滥伐林木的株数、立方米数量，水污染原因等需要有法（指）定机构（部门）的鉴定，才能够提起公诉，才能得到审判机关的采信。目前，还没有明确的有关破坏环境资源犯罪的鉴定由哪个（些）机构负责，致使有些案件的关键证据怎样鉴定，找那个部门鉴定，鉴定费用多少，由谁承担等都不明确，成为一些案件突破和定性的“瓶颈”。如环境监管失职罪立案标准规定的八种情形中有三种是关于造成财产损失的情形，在实际查办工作中，大量存在环境保护监督管理人员渎职，放任企业超标排污，造成农民庄稼绝产、减产的情况，这种损失应由哪些部门来鉴定、计算,并没有明确规定，农业、质检、环保等相关部门都强调不负有鉴定的职责。又如第七项“造成生活饮用水地表水源和地下水源严重污染”的情形应该怎样认定“严重污染”；废气排放，造成的损失怎么计算，将废水排放到耕地中，怎么定性对土地的损害程度，这些在实务中都不明确。
