（一）监督对象不完整
我国刑事立案权由公安机关、检察机关和法院三家行使，公安机关享有普通刑事案件的立案管辖权，检察机关享有国家工作人员职务犯罪的立案管辖权，法院享有自诉案件的立案管辖权。而我国刑事诉讼法关于立案监督的对象仅限于公安机关，而未设置对其他刑事立案主体的进行立案监督的法律条文。
关于对检察机关自侦案件的立案监督只有最高人民检察院的刑事诉讼规则有所规定，该规则第三百七十九条规定：人民检察院审查逮捕部门或者审查起诉部门发现本院侦查部门对应当立案侦查的案件不报请立案侦查的，应当建议侦查部门报请立案侦查，建议不被采纳的，应当报请检察长决定。然而由于系同一检察机关内部的自我监督，且这一规定由于未上升到立法的高度故效力并不是很高，从而导致检察机关对自侦案件的立案监督并未取得预期效果。
人民法院享有对刑事自诉案件的立案管辖权，如果人民法院对应当立案的自诉案件而并未立案，应当如何处理，刑事诉讼法并未作出明确规定，导致不能很好的维护公民的合法权益。立案监督是检察机关对刑事立案主体的立案行为是否合法实施的法律监督，由于人民法院是刑事自诉案件的立案主体，所以对人民法院的立案监督是人民检察院立案监督职责的应有之意。
（二）监督范围界定不完备
1、《刑事诉讼法》仅规定了对“应当立案而不立案侦查”的立案监督，并未就“不应当立案而立案侦查”的立案监督作出规定。在实践中，某些司法机关受利益驱动，超管辖范围立案，对不应由本部门立案的案件违法立案侦查。监督范围界定不全，易形成立案监督的空白地带。因此，明确人民检察院对刑事立案主体的“不应当立案侦查而立案侦查”及其他刑事立案活动中的违法行为的立案监督权迫在眉睫。
2、此外，立案监督的范围应当不仅局限于对应不应当立案的法律监督，还包括对刑事立案程序是否规范、立案决定是否合法的法律监督。在提倡建立法治国家的今天，程序与实体同样重要。立案监督不应当仅限于对立案或不立案决定是否合法进行监督，还应当就立案程序是否合法规范进行监督。在实践中尤其要重点抓好下列案件：（1）刑事立案主体接到报案或者发现犯罪事实、犯罪嫌疑人，没有作出刑事立案决定的。（2）刑事立案主体把应当追究刑事责任的案件以治安处罚案件立案或者处理。（3）刑事立案主体刑事立案后发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，本应当撤销案件却转治安处罚或者劳动教养处理的。（4）检察机关发现正在被执行刑罚的罪犯，在判决宣告以前还有其他犯罪公安机关应当立案侦查而不立案侦查的。（5）被害人有证据证明的轻微刑事案件，因证据不足被驳回自诉或人民法院认为被告人可能判处三年以上有期徒刑，移交公安机关处理，公安机关应当立案侦查而不立案侦查的。（6）人民法院对公民提出的自诉案件以不属于自诉案件为理由不予立案，而公安机关又以自诉案件归法院受理为由不予受理的。
