因此，个人所得税的分类课税模式是以所得为本，而家庭申报纳税则是以家庭为基础的，家庭申报纳税与分类所得税制有着根本的价值冲突，这就决定了分类所得税制实际上很难包容家庭申报制度。由于纳税人不同来源、不同类别的所得，分别由其支付人代为计算、代为扣缴，是否以家庭为单位进行申报并不影响各家庭成员的税收负担。即便进行家庭纳税申报，也只是附加于纳税人的额外且不必要的负担，提高了纳税人的遵从成本和税务机关的征收成本，就税收效率而言，反而是无效的制度设计。
（二）家庭生计费用扣除制度的缺失弱化家庭纳税申报的价值实现
一般而言，个人所得税的费用扣除包括了两大部分，即成本费用补偿和生计扣除。就我国个人所得税费用扣除制度而言，除工资薪金的综合费用扣除包含成本、费用扣除和个人生计扣除外[20]，其他所得，如劳务报酬所得、稿酬所得、财产转让所得和特许权使用费所得等，其可扣除的项目仅为取得收入而支出的费用部分。由于劳动力的基本维护是提供雇佣劳动的前提，就工资薪金所得而言，个人生计费用本身为维持纳税人自身存在的必要支出。个人生计费用同样具有“经营成本、费用”的性质。正是从这个意义上说，我国的个人所得税制度所考量的应税所得的范围仅为“净所得”的部分，其扣除范围的确定仅在于避免对资本本身进行课税。然而，“将收人减除相关必要成本后的余额，尚包含有私人的生活费用属于‘不可支配’性质者，它是维持生存或抚养家庭之必要费用，并不能代表给付能力，而是所得的使用”[21]。此部分即为纳税人的家庭生计费用。这些必须具体的考量纳税人的家庭结构、婚姻状况、子女人数和其他被赡养人口等情况。这也成为必须以家庭为主体，整体衡量家庭总收入和总支出的重要依据。但由于家庭生计费用在我国个人所得税制度中被忽视，各项收入在确认时可同时确认其可扣除数额，在进行源泉扣缴时，即可实现“净所得”课税，无需汇总纳税人的各项收入，更无需衡量纳税人的具体家庭情况。由于家庭生计费用扣除在我国个人所得税制度中并不属于可扣除的项目，即使汇总各家庭成员所得一并课税，对其税收负担也不会产生实质性的影响，家庭合并申报的采行无任何实质的意义。
（三）有限的纳税申报对家庭纳税申报的不包容性
适应现行的分类所得税制，个人所得税的征管采取了以源泉扣缴为主、纳税申报为辅的制度模式。2006年12月国家税务总局颁布的《个人所得税自行申报办法》构建了我国个人所得税“分类扣缴加综合申报”的双轨制征管模式。但受限于我国的税收征管能力和水平，我国现有的自行申报的范围主要限于“年收入12万元以上”的高收入纳税人。从该制度实施的效果来看，2006年度全国各地税务机关共受理自行纳税申报人数1628706人，人均申报年所得额316227元。[22]尽管该年度已自行申报纳税人数所占的比重并无实际的确切数据，但从人均申报年所得额远远高于最低标准的12万元来看，不难得出申报率偏低的结论。可以说，这一实施效果与我国纳税人的纳税意识和税源监管水平有着直接的关联，而这种状况在近期内无法得以有效的改善。一旦引入家庭申报制度，同样无法回避以个人为主体的申报制度所固有的弊端。更重要的是，由于现行个人自行申报制度仅针对高收入的纳税人适用，如在此基础上推进家庭申报制度，则意味着只有高收入纳税人才能够享受家庭整体课税、以家庭总收入作为课基的税收待遇。在现有的征管制度的基础上引入家庭合并申报，反而可能由于征管方式差异产生歧视性税收待遇，违背了个人所得税课税公平的制度初衷。
