司法调解制度的弊端也是不容忽视的。其一，“司法调解的好是打折扣的好”。首先，调审结合的司法制度安排决定了法官同时扮演调停人和裁决人两种角色，因此调解的自愿性弱化，强迫性强化。其次，司法是围绕真相与公正这一主轴动态平衡的过程，而司法调解制度通常是一种向无理者单向妥协的方式，这种单方“让步息诉”的方式与“权利确认与保护”之间存在着天然的矛盾。再次，司法调解制度还很容易为一种损害案外人利益的恶意诉讼的情形大开方便之门。其二，“司法调解制度的快是一种付了代价的快”。司法调解鼓励当事人就案件处理进行讨价还价或者互惠式交涉，给投机分子增大了投机的风险，破坏了法治震慑下的有序状态，加大了潜在纠纷发生的可能，由此所带来的不确定性增加了社会管理的成本。
（二）司法调解制度定位说
司法调解制度利弊皆有，但向司法调解制度“顾盼”有着现实的必要性。
其一，这是我们的本土背景决定的。我们处在这一个时期：乡村中国迈向市场与城市，人治社会意欲实现法治。规则框架中还存在着规则与潜规则、法治规则与乡土秩序两种悖论；根本道路实践上还存在着法治与德治、法治与经治间的两种游移。在这种历史变迁的时代背景下，调解制度很好地补充了司法的弹性和张力。
其二，这是我们的立法状况决定的。我国正处于宏大历史变迁中，权利冲突、价值多元，在诸多重大问题上未能形成较为一致的法律共识，这些都为立法造成了巨大的困难。与立法困难不相适应是我们的立法体制，立法是不同利益集团利益划分的过程还不能很好地体现出来，专家意见稿＋举手通过成了立法的主要形式。突出的后果是不少重大原则没有得到充分的讨论并在民主舞台得以发布，而现实生活中的矛盾不会因为立法搁置而延缓发生，在这种情况下，如果不调解就很难权威地兼顾各种价值。
其三，这是人民法院的地位决定的。如前所述，法律共识难以实现，详尽立法亦难以实现，“他们（指法官）不但没有天平，而且他们还必须在某种特定的社会异质—对于基本原则问题存在尖锐而且通常棘手的不同意见—面前行事。”[20]我们国家的法律文化对法院的期望很高、法院的工作挑战较大，但人民法院的地位却较低，在这种情形下，调解不失为一种各方都能接受的方案。
其四，这是我国司法改革的阶段所决定的。自1990年代以来，中国司法改革的基本导向是职业化和专业化，取得了重大进展，但这种司法模式在许多地方，特别是农村基层社会，缺乏适用性和有效性，因此现今对司法调解的提倡就成了司法改革一种反弹性的需求。
（三）回到辨法析理
法学从来都是实用的，从根本上说辨法析理也是为了案结事了，在社会矛盾日益突显的今天，让法官“能动”起来，积极地化解社会矛盾，也确是时代所需。从个案上说，如果没有辨法析理，很难达成调解实现案结事了；从整体上说，如果为了案结事了不惜牺牲所辩之“法”、所析之“理”，我们就会陷入庸俗调解主义，最后导致案结事发。因此，司法可以在案结事了上做更大的努力，但是辩法析理才是司法的风骨和精神。
