土地所有权与土地空间权的关系，本质上是所有权与用益物权的法律关系。应该说土地所有权是土地空间权产生的基础。同时，土地所有权人设定土地空间权后，其利用土地空间的权利必将会受到限制，这种限制通常都是有期限的，并且该限制是基于所有人的意思而成立的。因此，土地所有权人会利用其经济优势地位，在法律许可的范围内尽可能削弱空间权的内容。在我国，土地属于国家所有和集体所有，加上我国对土地开发利用的程度不是很高，很久以来土地上下空间的权属没有得到足够的重视。但是随着土地上下空间利用的不断发展，土地上下空间的权属问题越来越重要。在国家所有和集体所有的土地上设定土地使用权后，土地使用权人对一定的空间享有支配权。比如国有土地出让后，某人取得地上10米，地下2米的建设用地使用权，在此空间范围内，土地所有人自己不能再享有支配权，也不得再设定地上权。但是此空间范围外的空间仍然属于土地所有权人享有，土地所有权人可以在地上10米之上，地下2米之下再次设定用益物权，此用益物权是对特定空间所享有的权利，是空间权。土地所有权人设定地上权后可以再设定空间权，如果先设定空间权，也可以再此设定地上权。如果空间权设定在先，空间权人不得妨碍土地所有权人再设定普通地上权。如土地所有人为甲设定在地下10米至30米修建地下商城的空间权后，土地所有人还可以为乙设定在地面至地上5米修建高架桥的空间权。为了防止其它地上权人妨害自己行使对特定空间的支配权，空间权人可以与土地所有权人做出特别约定，不得对其所使用的特定空间造成妨害或形成危险。如设定隧道的地下空间权，双方可以约定：“载重限制4T/m2,覆土24.9m，要建造工作物时对设计功法需经双方协议。工作物柱间隔为8m以内。”如为地上高架铁道空间权之设定：“禁止设置对高架结构会发生障碍的添加工作物；高架下面禁止放置爆炸物或对高架结构会容易爆炸之物或认为有危险之物或其它会发臭气之物；禁止道路或埋设管线之目的挖掘工作或变更地形之建筑。”
另外，我国台湾地区也有学者认为，土地空间权对土地所有权的限制，应解释为仅限于土地所有权人利用土地的形态，而不得限制土地所有人之法律行为，如土地之让与、租赁及其他分层地上权之设定。即区分地上权人仅得与所有人约定相互间使用收益之限制，而不及于处分之限制，故土地所有人本得自由处分设定范围外之土地。[2]本文赞同此观点。土地所有权人设定空间权后，仍然可以再次设定普通地上权或者土地空间权，因此也当然可以处分土地。即使土地所有权人将土地所有权转让他人，空间权人的权利也可以对抗第三人，因为土地空间权是一种物权。
