（二）当事人就经人民调解委员会调解达成调解协议的纠纷，一方反悔后仅以该纠纷向人民法院起诉，不提及有调解协议。根据现行2002年最高法院司法解释第九条规定：“原纠纷诉讼时效自人民调解委员会调解而中断，经人民法院确认调解协议无效或撤销调解协议后，诉讼时效重新计算”。实践中一般掌握的标准是当事人不能就原纠纷直接提起诉讼，需要撤销调解协议或申请确认无效后再行起诉。但因这一规定是《人民调解法》出台前的规定，现在有进一步明确的必要。
（三）对于发生争议的案件中，多为涉及人身伤害赔偿的案件，经人民调解委员会组织调解，达成了一致意见，但因为一方当事人认为受到了不公正的对待，同时该调解协议在调解后又未到法院申请确认，此时就发生了请求撤销人民调解协议、并要求对原纠纷一并进行处理的情况。鉴于目前《人民调解法》及最高法院的相关司法解释都没有明确的规定，对该类案件的处理，往往是对全案一并进行审理，以查清是案件事实，分清是否应当撤销或确认无效，在处理过程上出于对保护当事人对人民调解协议撤销后对两种类型案件各自进行上诉的权利，又不得一并作出处理。但这实际上是不利于保护当事人实体权益的，也会增加当事人的讼累。
（四）《人民调解法》和最高法院的两个司法解释对人民调解协议是否应当撤销规定是比较笼统的，对当事人申请撤销人民调解协议过程中，仅对部分条款提出撤销请求的，人民法院是否只撤销部分内容不明确。但在实际处理的过程中调解协议全文应该是一个整体，双方达成协议内容是总体上考量的结果，同意部分条款是以另一条款为前提的，然当事人在请求确认部分无效或请求部分撤销时，另一方的答辩意见仅为有效不应当撤销，这时若坚持不告不理就可能会得出不公正的结果，因为双方都认为协议中某些条款是正确的，然原告认为另一条款无效，被告认为全部正确，法院对无效部分或撤销的内容作出判决时，是否对其余条款进行处理需要进一步明确。
（五）根据现行制度，人民调解协议案件由双方当事人向人民法院申请司法确认，在人民法院受理后应当编立调确字号，法院在受理之日起十五日内作出确认事不予确认的决定。但在实践过程中，往往需要双方当事人一并到法院申请确认，或者在审判人员前往异地巡回审理案件时，经人民调解委员会调解的案件由双方申请，审判人员审查确认的方式进行。确认或不予以确认后，当事人不再享有上诉权，对确认或不予确认的决定无司法救济渠道。造成了部分当事人因受到不公正的调解，人民法院审判人员在并不知情的情况下进行了司法确认以后，当事人便投诉无门，这对当事诉权进行了限制，不利于案件的最终处理。
