首先，属地管辖难以确定。传统刑事管辖权理论以属地原则为核心，以属人原则、保护原则、普遍原则为补充。传统刑事管辖中的属地管辖要求只要确定犯罪的行为或者结果发生在某地，即该地便拥有刑事管辖权。由于网络空间的不确定性，使网络犯罪的行为地或结果地难以确定，这便会使传统刑事管辖权理论在适用网络犯罪时显得无所适从。目前，国际上并未就网络犯罪达成国际协议，各国法律就网络犯罪的行为地、结果地的界定也不尽相同，各国关于网络犯罪法律的冲突客观上也加剧了网络犯罪属地管辖的难以确定。
其次，刑事管辖权相互冲突。传统刑事管辖权理论在应对传统跨国犯罪时，只要该犯罪符合双重犯罪原则，就可以依据相关引渡条约，将罪犯引渡到相关国家对其进行审判。而对于网络犯罪，由于各国对其有不尽相同的规定，使得在适用刑事管辖权方面出现冲突。例如2000年5月在互联网上发作的“I LOVE YOU”病毒，在全世界造成的损害达上百亿美金，经过各国合作调查，发现一菲律宾人Guzman涉嫌散布，虽然病毒所造成的损害遍及世界各地，但嫌疑人Guzman却无罪释放。因为虽然遭受损害的国家都可以主张管辖权，但各国在处理本案时，却都面临引渡困难的问题。因为依据引渡条约，必须符合双重犯罪，但在Guzman犯罪时，菲律宾刑法并没有相关规定，因此无法引渡，菲律宾只能依盗窃及违反接触装置规范法的规定起诉Guzman，但最终还是因为证据不足将其释放。[4]
网络空间的全球性以及各种法律的差异性，使得某一网络行为成立罪或非罪在不同的国家、地区有不同的标准。这一问题会让各国网民感到不安，因为行为人可能会因为违反自己从来都没有听说过的法律而遭受他国的起诉。这就意味着网民对互联网所触及到的世界各国、地区的法律都要遵守，显然这在现实面前并不可能。因此，就网络犯罪各国之间达成国际协议，明确网络犯罪的界定与管辖原则等问题，在网络日益发达的今日显得尤为重要。
最后，“抽象越境”行为管辖的疑惑。“抽象越境”行为，是指行为人本身或者其犯罪行为并未在某一国家的领域内实施，而只是在网络上以信号或者数据传输方式跨越了某国国境的行为。在此种情况下，网络犯罪行为的被越境国是否享有对该网络犯罪行为的管辖权是一个值得探讨的问题。如果认为有管辖权，那么这对传统的刑事管辖权理论的冲击将是巨大的，当一个犯罪行为抽象越境全球所有国家，那么所有国家对该行为均有管辖权，这种可怕的后果是可以想象的。如果认为对抽象越境行为没有管辖权，那么这必然对一国的主权带来挑战。这给我们带来了两难的境地。
