但是，历史的经验告诉我们，在法制建设尚处于较低阶段的时期，把司法权对行政权的监督和制约提到不适当的高度，必然导致两者关系的不协调，甚至造成法制系统的紊乱，因此应把对行政权的监督和制约与法制建设的阶段性协调起来，这是构造二者关系的关键。[23]而且，现代社会经济发展日新月异，各种新生事物、各种社会现象层出不穷，行政机关实施行政行为的范围和领域也日益广阔，行政管理活动将变得更加精细化和专业化，而司法权的滞后性、高成本性和低效率性也将更加凸显。因此，司法权介入行政权的深度和广度应界定在一个适度的范围之内。
我们在肯定纳税人诉讼的积极意义的同时，也应理性地考虑以个人权利通过司法权力制约行政权力的限度，否则将是得不偿失。在具体的制度设计中，可引入救济穷尽、前置程序等原则和制度来使司法权对行政权的干预限制在一个合理的范围之内，如有学者建议纳税人应先就所诉争议投诉至审计机关，接受投诉的机关必须在一定期限内做出答复，如不予答复或处理不符合法律要求，原告才能向法院提起行政诉讼，获得司法救济。[24]
（三）关于“联邦主义”
对于这个问题，可以从财政联邦主义（FiscalFederalism）的角度分析。财政联邦主义是西方学者借鉴政治学中的联邦制概念而创立的一个经济学概念，它强调的是在市场经济体制下各级政府之间如何划分财权才能提高行政效率和政府管理效能，其核心是财政分权。现代市场经济国家的财政体制，从某种意义上可以说都是财政联邦主义，即中央和地方政府实行财政分权。[25]对地方自主权的尊重、保护和发挥是理解财政联邦主义的关键，这其中自然也包括中央司法权力对地方行政权力的克制，而对于挑战地方财政支出行为的纳税人诉讼，法院援引联邦主义原则否定其诉讼资格也是合理的。
前已述及，我国自1994年开始实行了分税制的财政体制改革，有学者认为，从财政学的意义上讲，中国已然形成了比较完整的政府层级和地方政府系统，目前的政府间财政关系已经具备了财政联邦主义制度安排的雏形，不过这种雏形还相当不成熟。[26]因此，我们在构建纳税人诉讼制度、尤其是原告资格理论时，也应当把地方自主权作为考虑因素之一，实际上，对这个因素的考量可以与事实上的损害因素结合起来，某种意义上说，两者是同一个问题的两个方面：纳税人与地方预算支出行为具有更为直接的利害关系，而中央应当尊重地方包括预算管理方面的自主权。
