当然，正像下文所要讨论的，衔接好申诉和诉愿避免重复，还不能彻底解决问题。2009年4月，台湾“教育部”向“行政院”提交“教师法”部分条文修正草案，意欲取消申诉制度以消除程序的繁杂，[8]但却遭到了教师会等团体的反对。
显然，废除申诉不能一劳永逸地解决问题，三者的协调也只需一个简单的外科手术式的方法即可解决，而更为纠结的是，在二元诉讼机制下，需要区分公私法关系以实现民事诉讼和行政诉讼的归类，而学校与教师之间无法进行清晰的公私法关系划分。进而甚者，在公教一体的传统背景之中，特别权力关系理论的幽灵还要求对学校的必要管理措施和行政处分措施进行识别，以决定能否纳入诉愿和行政诉讼的渠道。申诉可以简单化地予以废除，但诉愿和诉讼却无法抛弃，现存问题并非仅仅是申诉之过，也不能完全归咎于三者的协调不够，更深层次的问题是需要对特别权力关系理论和公教一体传统进行深刻反思。
二、特别权力关系支配下的有限的权利救济范围
我国以吏为师的传统延续到台湾变成了公教一体，随着教育专业化的发展，教师逐渐形成了区别于公务员的任用、俸给及福利制度，不再适用公务人员的任用法、考试法、俸给法、考绩法、退休法、惩戒法等。但公教之间的界限并未完全划清，公校教师仍然被视为依法令从事公务之人员，归入最广义公务员。[9]
实践中，法院认为公校教师的教学活动，系代表“国家”从事保育活动，属给付行政之一种，对学生的管理教育属行使公权力之行为，倘有违背其应执行之职务，致生损害于学生的，要承担“国家”赔偿责任。[10]此外，公校编制内依法任用的职员，也受到“公务人员保障法”的保障；兼任学校行政职务的教师，就其兼职仍有“公务员服务法”之适用，除法律另有规定外，仍不得在外兼职。[11]
更重要的是，调整公务员勤务关系的特别权力关系理论依然影响着教师权利保护，特别是“司法院”第382号解释，认定公校系各级政府依法令设置实施教育之机构，具有机关之地位，使教师和学校关系易于落入特别权力关系的案臼。实践中一般认为，公校聘用教师从事学术研究、教育工作，具有公法性质，公校教师的法律地位等同公务人员，与公校具有公法上勤务关系，属特别权力关系范畴。[12]
传统的特别权力关系理论极易导致专横而损害人民权利，随着法治的进步已经遭受众口一词的批判，但其存废问题却一直充满争议，主流观点坚持要在相对人权利保护和行政内部纪律二者之间寻求平衡，主张以修正代替废弃，许可有限度的司法审查。“大法官”释字第298号解释给出的判断标准是以行政措施足以改变公务人员身份，影响其服公职之权利，或对公务人员有重大影响作为提起行政诉讼的条件，最新的判决认为，公务人员可以依靠行政诉讼程序提起救济之权益者有三类：一是改变身份，如免职等，二是对于公法上财产之请求权受到影响者，三是对于公务人员有重大影响之惩戒处分。[13]
