但是，在该案中持反对意见的斯卡利亚法官认为，美国环保署根据《清洁空气法》进行规制时享有较大的裁量权，法院不应干预美国环保署的裁量权。他认为美国联邦最高法院的多数派意见没有法律根据或先例支持，不管气候变化所涉及的问题有多么重要，法院不应该用自己想要的结果来替代行政机构的合理推理。〔24〕
（二）科学知识的不确定性可否成为环保署拒绝规制的理由
美国环保署指出自己之所以无权规制温室气体，是因为作为新问题，气候变化科学存在很大的不确定性。为了证明这一点，美国环保署拿出了美国科学院有关温室气体和气候变化之间的关系存在不确定性的研究报告。〔25〕
美国联邦最高法院持多数意见的法官认为科学知识的不确定不应该成为美国环保署拒绝规制温室气体的理由，除非科学知识不确定的程度会导致美国环境署无法得出一个有关温室气体是否会影响公共健康或福利的判断。法院认为，该案涉及的法律问题是环保署是否有足够的证据来进行危害的判断，环保署提出的证据应该基于法定的健康和福利威胁标准之上。〔26〕总之，科学不确定性并不是证明环保署拒绝规制温室气体的恰当理由。
事实上，科学的不确定性是科学的普遍特点。尽管科学在规制领域扮演重要角色，但是（人们）最终还是依靠政治而非科学来确定最终的决策。〔27〕如果科学的不确定性成为环保署的合法抗辩理由，那么气候变化立法就难以实现了。〔28〕因为科学具有两面性，不同的人可以用相同的科学知识支持不同的主张。如果对科学不抱太多幻想，那么做出的决策或许更好。〔29〕
（三）影响重大可否成为环保署拒绝规制的理由
美国环保署认为由于气候变化问题的影响范围较广，气候变化的应对所涉及的开支必然较大，规制温室气体会带来“重大的经济和政治问题”，所以美国环保署无权规制温室气体。〔30〕有人认为美国环保署的这一主张有点气候变化例外主义。〔31〕一般来说，当受规制事物具有特殊性和普遍性时，行政机构一般不能对其进行规制，在Brown v．Williamson To-bacco Corp．一案中，法院认为美国环保署规制温室气体时必须获得国会的明确授权。正是基于此，美国环保署认为如果国会愿意让其规制温室气体，那么国会应该对此做出明确的授权，在无国会明确授权的情况下，美国环保署不该解决气候变化问题。〔32〕美国环保署进而指出，根据国会从1978年制定《美国气候计划法》到1990年修订《清洁空气法》的历史来看，国会并没有展示出允许美国环保署规制温室气体的意愿。〔33〕此外，以《清洁空气法》对臭氧层消耗物质的规制为例，美国环保署认为由于气候变化问题不同于其他环境问题，全球性的气候变化问题显然需要得到国会特别授权。〔34〕
美国环保署所提出的上述理由，并没有获得支持。法院认为，美国环保署将Brown v．Williamson一案作为其主张的理由并不恰当。Brown v．Williamson一案不同于本案，在Brown v．Williamson一案中，如果将食品、药品与化妆品法案适用于烟草，将会导致完全禁止烟草，如果国会希望这种结果的话，它必然会明确无误地规定这一点。与此同时，国会已针对烟草产品采取了一系列行动，所以美国食品与药品管理局无法规制烟草产品。但是，该案的不同之处在于，将《清洁空气法》适用于机动车尾气排放并不会完全禁止机动车或机动车尾气排放，所以没有理由拒绝将《清洁空气法》适用于机动车尾气排放。法院认为，《清洁空气法》颁布之后，美国环保署公开宣布对机动车尾气排放具有规制权，如果国会不同意美国环境署的看法，那么国会应该早已修订《清洁空气法》来限制美国环保署所宣称的权力。法院认为，《清洁空气法》之后的立法并未侵犯美国环保署规制空气污染物的权力，国会的立法措施与国会在《清洁空气法》授权环保署在规制温室气体并不冲突。〔35〕法院看来，《清洁空气法》并没有授权美国环保署制定规则之时去考虑新规制可能造成的经济影响。
